[发明专利]一个基于高分辨率溶解曲线鉴定梨果皮红/绿色泽的SNP 标记及其应用

说明书

技术领域

本发明属于分子遗传育种领域，涉及一个基于高分辨率溶解曲线鉴定梨果皮红/绿色泽的SNP标记及其应用。

背景技术

果皮的色泽是果实外观品质的核心指标，也是影响其商品价值的重要因素。目前世界上主要梨栽培种中只有西洋梨具有较多的红皮品种，而我国栽培的梨品种主要归属于白梨、砂梨、秋子梨和新疆梨四大栽培种，这些品种果皮多为绿色、黄色和褐色，而外观品质佳的红梨品种较少。为了满足消费市场的需求，我国引进了部分红色西洋梨品种，由于气候和西洋梨自身的生态适应性等原因，其栽培范围受到极大的限制，目前尚不能解决国内市场对红皮梨需求旺盛的矛盾。因此，开展适合我国种植、品质优良的红梨品种成为我国育种工作者的重要目标之一。

随着模式植物全基因组测序的完成，特别是大量SNP(单碱基扩增多态性)标记的开发以及生物信息学的迅猛发展，应用关联分析方法发掘植物数量性状基因已成为植物基因组学研究的热点之一。特别是梨全基因组测序的完成，以及大量SNP标记的开发，通过全基因组范围的关联分析法，发掘梨数量性状基因成为基因组学研究的必然趋势，通过对目标性状QTL范围内的SNP标记研究成为定位目标性状基因的重要手段。近年来兴起的一种检测基因SNP的新技术——高分辨率溶解曲线（HRM）技术，是在PCR反应的基础上，通过检测DNA双链熔解过程中与其结合的饱和荧光染料的荧光信号值的变化所生成的不同形状的熔解曲线来揭示核酸片段中的单碱基突变。利用HRM技术方法，开发可对目标基因进行快速分型的SNP标记，为该基因的遗传和定位研究提供有效工具。

目前有关梨果实品质数量性状的定位研究仍属起步阶段，已有的研究主要是针对抗病性，对梨果实红皮性状的SNP标记研究尚没有开展。因此，进行梨果皮红色性状的QTL定位，筛选紧密连锁的分子标记，建立早期辅助选择技术体系，对于梨果皮色泽的遗传改良，缩短育种进程、节约生产成本具有重要意义。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术的上述不足，提供一个基于高分辨率溶解曲线（HRM）鉴定梨果皮红/绿色泽的SNP标记。

本发明的另一目的是提供该SNP标记的引物对。

本发明的又一目的是提供该SNP标记及其引物对的应用。

本发明的目的通过如下技术方案实现：

一个基于高分辨率溶解曲线（HRM）鉴定梨果皮红/绿色泽的SNP标记p2_he_5060，该SNP标记的正向引物序列F1如SEQ ID NO.1所示，反向引物R1如SEQ ID NO.2所示。

本发明所述的SNP标记p2_he_5060在鉴定梨果皮红/绿色泽性状中的应用。

本发明所述的SNP标记p2_he_5060在梨分子育种中的应用。

本发明所述的SNP标记p2_he_5060的引物对，该SNP标记的正向引物序列F1如SEQ ID NO.1所示，反向引物R1如SEQ ID NO.2所示。

本发明所述的SNP标记p2_he_5060的引物对在鉴定梨果皮红/绿色泽性状中的应用。

本发明所述的SNP标记p2_he_5060的引物对在梨分子育种中的应用。

一种基于高分辨率溶解曲线鉴定梨品种果皮红/绿色泽的方法，采用SNP标记p2_he_5060的正向引物F1及反向引物R1对红皮和绿皮对照梨品种以及待鉴定梨品种进行高分辨率溶解曲线分析，通过对待鉴定梨品种的高分辨率溶解曲线与红皮和绿皮对照梨品种的高分辨率溶解曲线的比较，鉴定该梨品种含有红皮基因型还是绿皮基因型。

其中，所述的红皮对照梨品种为‘八月红’，所述的绿皮对照梨品种为‘砀山酥梨’。

梨果皮红/绿色性状鉴定的SNP分子标记的获得方法，包含下列步骤：

a）以果皮为红色的‘八月红’×果皮为绿色的‘砀山酥梨’F1代果皮色泽表现分离的群体为试材，通过检测亲本及后代的SNP标记，利用Joinmap3.0作图软件构建SNP标记遗传图谱，在此基础上利用色泽性状表型数据的关联分析，将控制梨果皮红/绿色性状的主效位点定位到第5连锁群上；

b）在第5连锁群上选取与红色性状位点紧密连锁的1个SNP标记，利用primer5.0软件，设计1对SNP标记引物，并进行验证；