[发明专利]PCR-SSP法定性检测HLA-B*1502基因的方法及临床试剂盒

权利要求书

1.一种HLA-B*1502特异位点的解析和PCR-SSP特异引物设计方法，其特征在于：通过对超过200个HLA-B等位基因的序列比对，得到HLA-B*1502的6个特异区域，它们位于HLA-B等位基因的第2和第3外显子；然后根据这6个特异区域，设计PCR-SSP检测的特异引物，具体操作步骤为： 

(1)收集IMGT/HLA数据库的HLA-B，特别是HLA-B*15单体型的基因组、转录组的序列，找出HLA-B*1502的特异区域； 

(2)通过序列比对，得到HLA-B*1502基因第2和第3外显子的6个特异区域：HLA-B*1502单体型的基因序列中第126至第140个碱基为第一特异区域，其序列为：CCGAGGATGGCGCCC，其中核心位点为G₁₃₁，A₁₃₂，T₁₃₃，C₁₃₆，C₁₄₀；第182至第199个碱基为第二特异区域，其序列为：CCGGAACACACAGATCTC，其中核心位点为A₁₈₆，C₁₈₈，C₁₉₉；第229至第246个碱基为第三特异区域，其序列为： GCCTGCGGAACCTGCGCG，其中核心位点为G₂₂₉，A₂₃₈，C₂₄₀，T₂₄₁，G₂₄₄，G₂₄₆；第274至第296个碱基为第四特异区域，其序列为：CTCACATCATCCAGAGGATGTAT，其核心位点为T₂₈₀，C₂₈₁，A₂₈₂，T₂₈₃，C₂₈₄，G₂₈₉，G₂₉₀，A₂₉₅，T₂₉₆；第331至第347个碱基为第五特异区域，其序列为：GCGGGTATGACCAGTCC，其核心位点为T₃₃₆，G₃₃₉，C₃₄₆；第460至第487个碱基为第六特异区域，其序列为：AGCAGCTGAGAGCCTACCTGGAGGGCCT，其核心位点为C₄₆₅，T₄₆₆，C₄₆₇，C₄₈₆，T₄₈₇； 

(3)依据上述特异区域设计引物，共6个，这些引物见表2所示；从这6个引物中，随机组合出15对引物，通过序列比对，分别找出其可能造成假阳性的HLA-B基因型，选用其中可能假阳性数目较少即特异度较高的引物组进行特异性、灵敏度的比较实验，筛选得一对高特异性、高灵敏度特异引物：B1502-SSP-F2和B1502-SSP-R5； 

表2 针对HLA-B＊1502特异区域设计引物 

(4)选择一对内参引物：B1502-iCTRL-F和B1502-iCTRL-R，用于检测DNA模板的质量。