[发明专利]自目标多核苷酸和非目标多核苷酸的混合物富集目标多核苷酸或非目标多核苷酸的方法和组合物

权利要求书

1.组合物，包含：

哺乳动物和微生物或线粒体多核苷酸的混合物，

涂布有蛋白质或多肽结构域的亲和基质，和

包含10mM-800mM盐和非离子型洗涤剂的吸附缓冲液，其中

(i)所述哺乳动物多核苷酸结合到吸附缓冲液中的涂布有蛋白质或多肽结构域的亲和基质，所述哺乳动物多核苷酸的大小在10Kb-100Kb的范围内并且包含多个修饰碱基，其中所述修饰碱基是甲基化的胞嘧啶；和

(ii)至少90％的所述微生物或线粒体多核苷酸在所述缓冲液中，不被结合。

2.根据权利要求1所述的组合物，其中所述哺乳动物多核苷酸中的所述修饰碱基以200个碱基中至少1个修饰碱基的频率存在。

3.从混合物富集微生物或线粒体多核苷酸的方法，包括：

(a)得到根据权利要求1所述的组合物；和

(b)从所述缓冲液得到所述微生物或线粒体多核苷酸的富集制备物。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述缓冲液中的所述哺乳动物多核苷酸包含富集前所述混合物中不高于10％的所述哺乳动物多核苷酸。

5.根据权利要求3至4中任一项所述的方法，其中富集前的所述多核苷酸混合物得自生物样本，并包含原核生物和哺乳动物基因组DNA，其中所述混合物包含至少50％的哺乳动物基因组DNA。

6.根据权利要求3所述的方法，进一步包括：通过测序、克隆或扩增来分析所述缓冲液中的所述微生物或线粒体多核苷酸，以确定所述微生物或线粒体多核苷酸的基因组同一性。

7.根据权利要求3或4所述的方法，其中所述亲和基质包含选自SRA、CXX1、DNMT1、MBD或其甲基结合变体的甲基结合结构域。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述SRA来自UHRF1。

9.根据权利要求3或4所述的方法，其中所述亲和基质包括磁珠。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述磁珠涂布有结合MBD2a-Fc的蛋白质A。

11.增强包含与鸟嘌呤相邻的甲基化的胞嘧啶的多核苷酸与未甲基化的多核苷酸分离的方法；包括：

(a)提供根据权利要求1所述的组合物，其中所述修饰碱基是所述与鸟嘌呤相邻的甲基化的胞嘧啶；

(b)使所述包含与鸟嘌呤相邻的甲基化的胞嘧啶的多核苷酸结合所述亲和基质，形成固定化在所述基质上的产物；和

(c)对所述结合的多核苷酸或所述未结合的多核苷酸中的至少一种进行扩增和/或测序。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述甲基化的多核苷酸包含一种或多种哺乳动物基因组的片段，且所述未甲基化的多核苷酸包含一种或多种微生物或线粒体基因组的片段。

13.根据权利要求11或12所述的方法，其中所述基质是磁珠。

14.根据权利要求11或12所述的方法，其中所述甲基化核苷结合蛋白质选自SRA、CXX1、DNMT1、MBD或其甲基结合变体。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述SRA来自UHRF1。