[发明专利]一种尾叶紫薇微卫星DNA分子标记及应用有效

专利信息
申请号: 201210019902.0 申请日: 2009-12-31
公开(公告)号: CN102634513A 公开(公告)日: 2012-08-15
发明(设计)人: 张启翔;蔡明;潘会堂;王学凤;孙明;高亦珂;程堂仁;宋平;田苗 申请(专利权)人: 北京林业大学
主分类号: C12N15/11 分类号: C12N15/11;C12Q1/68
代理公司: 北京路浩知识产权代理有限公司 11002 代理人: 王朋飞;王加岭
地址: 100083 *** 国省代码: 北京;11
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摘要:
搜索关键词: 一种 紫薇 卫星 dna 分子 标记 应用
【说明书】:

发明为申请号200910244439.8,申请日2009年12月31日,发明名称为一种尾叶紫薇微卫星DNA分子标记及应用的母案的分案申请。

技术领域

本发明涉及DNA分子标记技术,具体地说,涉及一种尾叶紫薇微卫星DNA分子标记及其应用。

背景技术

尾叶紫薇(Lagerstroemia caudata),属千屈菜科(Lythraceae)紫薇属落叶大乔木,高18~30米,胸径约40厘米;树皮光滑,褐色,成片状剥落;全株无毛;花期4-5月,果期7-10月。尾叶紫薇开花繁密,香味浓郁,是培育芳香紫薇品种的优良亲本。其在石灰岩石山稍荫蔽的山坡上生长良好,萌蘖力较强,是石灰岩石山优良绿化树种之一。同时,尾叶紫薇木材坚硬、纹理细致,淡黄色,适于作上等家俱、室内装修、细工或雕刻等用材。尾叶紫薇原产于我国,已被列为濒危植物(《中国物种红色名录》第一卷,高等教育出版社,2004)。

目前仅有关于尾叶紫薇单一种群结构的研究(黄晨晖等,2008,尾叶紫薇种群结构和动态的初步研究,热带林业,36(4),24~26),而关于尾叶紫薇资源分布、种群遗传多样性和种质资源保护等方面的研究尚未见报道。简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),也称微卫星DNA(microsatellite),是一种由2~5个核苷酸为单位多次串联重复的长达几十甚至几百个核苷酸的序列。这些序列广泛存在于真核生物基因组的不同座位上,每个座位重复单位的数量可能不完全相同,因而形成多态性。由于其具有多态性丰富、重复性高、共显性遗传等优点,被广泛应用于植物的群体和进化遗传研究、种质资源遗传多样性分析、指纹图谱构建等领域。因此,开发尾叶紫薇微卫星标记,利用其研究尾叶紫薇资源遗传多样性和种群结构,对尾叶紫薇种质资源的保护和利用具有重要意义。

发明内容

本发明的目的是提供一种尾叶紫薇微卫星DNA分子标记。

本发明的另一目的是提供上述DNA分子标记的筛选方法。

本发明更进一步的目的是提供上述DNA分子标记在尾叶紫薇遗传多样性研究中的应用。

为了实现本发明目的,本发明的一种尾叶紫薇微卫星DNA分子标记,其中扩增所述分子标记的引物为如下引物对:

I2HF:5′-AAAGACGCAGAAGGATGG-3′

I2HR:5′-CGATTAGTTTCAGCTCGT-3′

前述的DNA分子标记,其编号为I2H的核苷酸序列,所述核苷酸序列如SEQ ID No.4所示。

本发明的一种尾叶紫薇微卫星DNA分子标记的筛选方法,其包括以下步骤:

(1)提取尾叶紫薇基因组DNA,用内切酶Rsa I进行酶切,得到大小为300~1000bp的DNA片段;

(2)将寡核苷酸SuperSNX24F(5’-GTTTAAGGCCTAGCTAGCAGAATC-3’)和末端磷酸化的SuperSNX24R(5’-pGATTCTGCTAGCTAGGCCTTAAACAAAA-3’)等摩尔混合,形成接头;

(3)将步骤(2)的接头与步骤(1)的酶切产物连接;

(4)以SuperSNX24F为引物,步骤(3)的连接产物为模板,进行PCR反应,富集大小为300~1000bp的DNA片段;

(5)合成3’Biotin标记的探针20种,将其按照要求[Group2=(AG)12,(TG)12,(AAC)6,(AAG)8,(AAT)12,(ACT)12,(ATC)8;Group3=(AAAC)6,(AAAG)6,(AATC)6,(AATG)6,(ACAG)6,(ACCT)6,(ACTC)6,(ACTG)6;Group4=(AAAT)8,(AACT)8,(AAGT)8,(ACAT)8,(AGAT)8]等体积混合(所有探针浓度均为100μM),将混合好的探针稀释100倍待用;

(6)将步骤(4)的DNA片段分别与步骤(5)三组探针进行杂交;

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