[发明专利]一种HRAS基因突变检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种HRAS基因突变检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

ras基因参与细胞生长和分化的调控，参与多种肿瘤的形成与发展。ras基因家族与人类肿瘤相关的特征性基因有三种，即H-ras、K-ras和N-ras，它们分别定位于11、12、1号染色体。ras族癌基因活化是某些肿瘤发生发展的分子基础，其中，点突变是ras族基因活化的重要方式，而ras族基因第12位、13位和61位密码子的点突变可使其获得转化细胞的能力。因此对肿瘤细胞ras基因点突变的检测，对了解肿瘤的发生发展，以及监测恶性肿瘤的治疗效果具有重大意义，对临床工作具有重要指导意义。

其中，HRAS(v-Ha-ras Harvey rat sarcoma viral oncogene homolog)基因定位于11号染色体，由946个腺嘌呤、2287个胞嘧啶、2113个鸟嘌呤、1107个胸腺嘧啶组成。HRAS基因突变及其突变率与地理环境条件、种族、致癌原的不同有关，有研究表明，HRAS点突变与胃癌的某些分子生物学行为相关，而且有可能成为判断胃癌患者预后的有用指标。本发明所开发的HRAS基因突变检测液相芯片涉及的突变位点如下表所示：

目前，对HRAS基因突变进行检测和分析的方法很少，主要有直接测序法和PCR-RFLP分析法，其中最常用的方法有PCR-RFLP分析法。PCR-RFLP法是基于基因突变造成的限制性内切酶识别位点的改变，如位点丢失或产生新位点，通过PCR扩增某一特定片段，再用限制性内切酶酶切扩增产物，电泳观察片段的大小，这种方法用于检测酶切位点改变的基因突变，可直接判断基因型，但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测。再次，以上这些方法都存在着检测通量的局限性，每次只能检测一种突变类型，不能满足实际应用的需要。

发明内容

本发明的目的之一是提供HRAS基因突变检测液相芯片，该液相芯片可用于单项或者并行检测HRAS基因Codon 12的正常基因型及五种突变型：G12S、G12C、G12R、G12D、G12V，Codon 13的正常基因型及三种突变型：G13S、G13R、G13C，以及Codon 61的正常基因型及四种突变型：Q61K、Q61R、Q61L、Q61H。

实现上述目的的技术方案如下：

一种HRAS基因突变检测液相芯片，包括有：

(A).针对HRAS基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对Codon 12位点的SEQ ID NO.16以及SEQ ID NO.17、SEQ ID NO.18、SEQ IDNO.19、SEQ ID NO.20和SEQ ID NO.21中的一种以上；针对Codon 13位点的SEQ ID NO.22以及SEQ ID NO.23、SEQ ID NO.24和SEQ ID NO.25中的一种以上；和/或针对Codon 61位点的SEQ ID NO.26以及SEQ ID NO.27、SEQ ID NO.28、SEQ ID NO.29和SEQ ID NO.30中的一种以上；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.15；

(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.31～SEQ ID NO.45，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；

(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。

优选地，所述扩增引物为针对HRAS基因Codon 12和/或Codon 13位点的SEQ ID NO.46及SEQ ID NO.47；和/或针对Codon 61位点的SEQ ID NO.48及SEQ ID NO.49。