本发明公开了一种紫花苜蓿MsNAP基因启动子及其应用，涉及生物技术领域中的豆科牧草。紫花苜蓿MsNAP基因启动子，其序列含有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列；其特异性引物包括：SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3；其表达载体为双酶切切除35S启动子后连接MsNAP的启动子序列的紫花苜蓿MsNAP基因启动子的应用是紫花苜蓿MsNAP的启动子序列或所述表达载体在调控植物的基因表达中的应用。本发明提供了MsNAP基因的启动子序列，并通过转基因技术对其功能进行验证，结果表明MsNAP启动子在衰老叶片中活性较强；为进一步探索调控紫花苜蓿衰老基因的表达，调控紫花苜蓿衰老奠定了基础。
