本发明属于动物分子标记筛选技术领域,具体涉及母猪肢蹄骨密度性状的SNP遗传标记。该分子标记克隆自登陆号为ALGA0082045的基因片段,通过基因芯片技术对该基因进行分型筛选得到一种与母猪肢蹄骨密度相关的分子标记,该标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,在该序列的第51位的碱基处存在一个C/T的等位基因突变,导致SEQ ID NO:1序列的多态性,且当所述的序列的51位核苷酸为C时,则母猪的肢蹄具有更高的骨密度。本发明还公开了与母猪肢蹄骨密度性状相关遗传标记的筛选方法及其在关联分析中的应用。