本发明公开了一种侯钩藤的分子鉴定方法。本发明在首次获得侯钩藤的ITS序列(如SEQ ID NO.1所示)的基础上,以待测样品的总DNA为模板,利用引物ITS5和ITS4扩增得到待测植物的rDNA ITS序列;将rDNA ITS序列与SEQ ID NO.1所示序列进行比对分析,具体是找出匹配后的12位、86位、105位、120位、450位、547位或569位的碱基中的至少2个碱基进行比对,根据比对结果鉴定待测样品是否为侯钩藤。上述位点是侯钩藤区分于钩藤属其他种植物的唯一性位点信息,可在分子生物学水平对侯钩藤进行快速、准确的分子鉴定;为中药钩藤的规范用药、安全用药提供了必要保障。