本发明涉及一种金耳与寄主真菌粗毛韧革菌的核糖体大亚基基因D1/D2区序列的分子鉴定方法。金耳的核糖体大亚基基因序列如SEQ ID NO.1所示;寄主真菌粗毛韧革菌的核糖体大亚基基因D1/D2区序列如SEQ ID NO.2所示。所说的鉴定方法是:提取得到待鉴定菌种的核糖体大亚基基因D1/D2区序列,将此序列与SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2序列进行比较判定,判断是否为金耳菌种或寄主真菌粗毛韧革菌菌种。利用本发明方法可以对人工培养的金耳菌种和寄主真菌粗毛韧革菌种进行准确鉴定。为品系鉴定、品种保护、菌种质量控制、有效菌种繁育及金耳的人工栽培提供可靠技术。