本发明公开了一种相对定量分析肉鸡脂肪酸去饱和酶FADS1的方法,先进行肉鸡脂肪酸去饱和酶FADS1的提取,再对肉鸡脂肪酸去饱和酶FADS1进行酶切获得特异性肽段,然后使用液质联用仪检测特异性肽段的子母离子对,获得特异性肽段的子离子信号强度总和,根据特异肽段的子离子信号强度总和获得肉鸡脂肪酸去饱和酶FADS1的信号强度,通过比较不同处理肉鸡样品中肉鸡脂肪酸去饱和酶FADS1的信号强度,从而实现对不同处理肉鸡样品中肉鸡脂肪酸去饱和酶FADS1的相对定量;肉鸡脂肪酸去饱和酶FADS1的特异性肽段为2条,其氨基酸序列分别为SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示。