本发明公开了壳聚糖酶OUC‑CsnCA联合甲壳素酶SaChiA4在降解中度乙酰化壳聚糖中的应用,壳聚糖酶OUC‑CsnCA的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示;甲壳素酶SaChiA4的氨基酸序列如SEQ所述中度乙酰化壳聚糖是指脱乙酰度为40%~75%的壳聚糖。本发明还公开了一种降解中度乙酰化壳聚糖的方法。本发明利用壳聚糖酶OUC‑CsnCA和甲壳素酶SaChiA4联合降解中度乙酰化壳聚糖,水解更彻底,水解产物中全脱乙酰壳寡糖含量更多,且以完全脱乙酰的壳二糖与甲壳单糖为主。本发明对于降解中度乙酰化壳聚糖、酶法制备乙酰化低聚糖的研究具有重要的工业应用价值以及经济价值。