[发明专利]一种基于分子动力学的视紫红质光循环模拟方法在审
| 申请号： | 202210156563.4 | 申请日： | 2022-02-21 |
| 公开（公告）号： | CN114530192A | 公开（公告）日： | 2022-05-24 |
| 发明（设计）人： | 袁帅;刘春艳;辛奇;徐涛;张文英 | 申请（专利权）人： | 重庆邮电大学 |
| 主分类号： | G16B5/00 | 分类号： | G16B5/00;G06F30/20;G06F30/25;G06F119/14 |
| 代理公司： | 重庆市恒信知识产权代理有限公司 50102 | 代理人： | 刘小红 |
| 地址： | 400065 重*** | 国省代码： | 重庆;50 |
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| 摘要： | 本发明请求保护一种分子动力学视紫红质蛋白光循环模拟研究方法，以单聚体进行模拟研究，属于神经科学领域和分子动力学领域。具体步骤如下：(1)使用高斯软件对发色团C12‑C13＝C14‑C15二面角进行扭转并进行角度调整；(2)将单聚体蛋白在CHARMM‑GUI软件嵌入细胞膜环境嵌入，对发色团小分子进行单独的力场设置(3)使用NAMD软件进行平衡态分子动力学模拟(4)对分子动力学轨迹进行分析，通过AMBER的cpptraj模块和VMD的tcl文件进行对应的分析。(5)使用拉伸分子动力学和伞形取样的方式计算自由能。该发明方法利用分子动力学研究视紫红质在光循环过程中的结构变化进一步实现光循环的仿真，对视紫红质在神经科学领域中的临床应用，脑功能研究以及工程学材料设计有着重要作用。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 分子 动力学 视紫红质 循环 模拟 方法 | ||
【主权项】：
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