[发明专利]分子动力学模拟软件的并行PME的加速优化方法及系统在审
| 申请号： | 202010213790.7 | 申请日： | 2020-03-24 |
| 公开（公告）号： | CN111444134A | 公开（公告）日： | 2020-07-24 |
| 发明（设计）人： | 刘卫国;邵奇;张庭坚 | 申请（专利权）人： | 山东大学 |
| 主分类号： | G06F15/173 | 分类号： | G06F15/173;G06F15/80;G06F13/28;G16C10/00 |
| 代理公司： | 济南圣达知识产权代理有限公司 37221 | 代理人： | 李琳 |
| 地址： | 250101 *** | 国省代码： | 山东;37 |
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| 摘要： | 本公开提供了一种分子动力学模拟软件的并行PME的加速优化方法及系统，将计算任务拆分成多份，分配至超级计算平台的各个从核上，利用从核进行计算；在计算过程中的快速傅里叶变换中，利用数据分块，从核完成矩阵转置的数据复制；主核使用DMA的方式获取各从核的计算结果，并将各计算结果合并及向量化，主核使用RDMA技术代替传统的MPI技术来获取其他主核的数据。本公开能够使分子动力学模拟软件顺利在超级计算平台上进行加载，同时能够提高计算性能。 | ||
| 搜索关键词： | 分子 动力学 模拟 软件 并行 pme 加速 优化 方法 系统 | ||
【主权项】：
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