[发明专利]一种基于多维度分析框架的功能核酸全面识别方法及其应用有效
| 申请号： | 201910850896.5 | 申请日： | 2019-09-10 |
| 公开（公告）号： | CN110600080B | 公开（公告）日： | 2023-04-18 |
| 发明（设计）人： | 杨朝勇;宋彦龄;宋佳;郑媛 | 申请（专利权）人： | 上海交通大学医学院附属仁济医院 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10;G16B40/00;C40B50/06 |
| 代理公司： | 上海申汇专利代理有限公司 31001 | 代理人： | 翁若莹 |
| 地址： | 200001 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明提供了一种基于多维度分析框架的功能核酸全面识别方法，包括：基于核酸文库测序数据，利用多维度分析框架对功能核酸进行筛选；所述多维度分析框架包括：结构域/模式序列含量Kscore、核酸家族富集程度Fscore与结构稳定性Sscore三个方面。本发明首次提出了一个多维度分析框架，基于多水平的结构分析和序列分析，利用无监督学习、模式序列搜索、结构模拟等技术手段，对核酸适体序列进行多维度评估,从而识别具有靶标结合能力的核酸适体。本算法具有高效处理高通量数据、全面识别高性能核酸适体的能力。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 多维 分析 框架 功能 核酸 全面 识别 方法 及其 应用 | ||
【主权项】：
1.一种基于多维度分析框架的核酸全面识别方法，其特征在于，包括以下步骤：/n步骤1：基于模式序列搜索进行核酸文库测序数据过滤；/n步骤2：利用无监督学习，对步骤1过滤后的核酸文库测序数据进行文库序列家族高效分类；/n步骤3：基于步骤2的文库序列家族分类结果，进行核酸适体二级子结构/模式序列含量Kscore评估；/n步骤4：基于步骤2的文库序列家族分类结果，根据家族大小，进行核酸适体家族富集程度Fscore评估；/n步骤5：基于二级结构最小自由能和G四聚体结构预测，对步骤2的文库序列家族分类结果进行核酸适体二级结构稳定性Sscore评估；/n步骤6：利用多维度分析框架，从二级子结构/模式序列含量Kscore、核酸适体家族富集程度Fscore、二级结构稳定性Sscore三个方面对功能核酸进行全面评估和权衡，识别高性能功能核酸。/n
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