[发明专利]一种基于分布式的大规模基因调控网络构建方法有效
| 申请号： | 201910821699.0 | 申请日： | 2019-09-02 |
| 公开（公告）号： | CN110555530B | 公开（公告）日： | 2022-11-08 |
| 发明（设计）人： | 王之琼;曲璐渲;霍岳阳;信俊昌;郭上慧;钱唯 | 申请（专利权）人： | 东北大学 |
| 主分类号： | G06N7/00 | 分类号： | G06N7/00;G06N7/06 |
| 代理公司： | 沈阳东大知识产权代理有限公司 21109 | 代理人： | 李在川 |
| 地址： | 110819 辽宁*** | 国省代码： | 辽宁;21 |
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| 摘要： | 本发明提供一种基于分布式的大规模基因调控网络构建方法，涉及医学信息学领域，本发明首先利用基因间的互信息值构建出基因调控的概要网络，根据结点的连结情况将网络分为若干个子网络，在每个子网络利用贝叶斯等方法在分布式环境下计算结点的调控方向，再将子网络进行合并，从而得到最终的基因调控网络。该发明可以提高基因调控网络的构建效率，通过分析基因调控网络让我们更系统地剖析细胞的功能，更深刻地洞见生命的本质。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 分布式 大规模 基因 调控 网络 构建 方法 | ||
【主权项】：
1.一种基于分布式的大规模基因调控网络构建方法，其特征在于：包括以下步骤：/n步骤1：利用基因之间的互信息值建立概要网络；/n步骤2：将概要网络中的每个基因利用KNN算法进行网络分解，增加target gene的亲本集，对局部网络进行构建；/n步骤3：将得到的局部网络放到分布式平台中，将每一个子网络在集群中不同的计算节点进行计算，通过分布式计算框架MapReduce对局部精确网络进行构建，即进行贝叶斯网络的构建；/n步骤4：将由各个节点构建的局部精确网络进行合并，形成精确网络，利用条件互信息CMI去除假阳边，同时计算一阶CMI(i,j|k)，二阶CMI(i,j|k,l)，如果CMI(i,j|k)或CMI(i,j|k,l)小于设定阈值β，则将i和j相连的冗余边删除；/n步骤5：将删除冗余边后的基因调控网络afterNet与删除前基因调控网络beforeNet对比，如果不一致，重复步骤2、步骤3、步骤4，直到对比一致，网络稳定不在变化，输出最终的基因调控网络。/n
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