[发明专利]一种基于接触概率辅助的蛋白质ATP对接方法有效
| 申请号： | 201910805001.6 | 申请日： | 2019-08-29 |
| 公开（公告）号： | CN110689929B | 公开（公告）日： | 2021-12-17 |
| 发明（设计）人： | 张贵军;饶亮;刘俊;赵凯龙;胡俊;周晓根 | 申请（专利权）人： | 浙江工业大学 |
| 主分类号： | G16B30/20 | 分类号： | G16B30/20;G06N3/00;G06N3/12 |
| 代理公司： | 杭州斯可睿专利事务所有限公司 33241 | 代理人： | 王利强 |
| 地址： | 310014 浙江省*** | 国省代码： | 浙江;33 |
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| 摘要： | 一种基于接触概率辅助的蛋白质ATP对接方法，首先，使用ATPbind等五个蛋白质绑定残基预测服务器预测出蛋白质‑ATP的绑定残基信息，并使用投票法选择出现次数多的残基作为绑定残基，提高绑定残基的精确性；其次，从PDB数据库中提取特定类型绑定残基与ATP各原子的接触概率矩阵，作为能量函数对生成的构象进行打分，提升对接精度；最后，通过使用改进的差分进化算法搜索最优个体，提高计算效率。本发明提供一种计算代价低、预测精确性较高的基于接触概率辅助的蛋白质ATP对接方法。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 接触 概率 辅助 蛋白质 atp 对接 方法 | ||
【主权项】：
1.一种基于接触概率辅助的蛋白质ATP对接方法，其特征在于：所述对接方法包括以下步骤：/n1)输入目标蛋白质和ATP的结构，分别记为R和A；/n2)分别使用ATPbind服务器、TargetS服务器、TargetSOS服务器、TargetNUCs服务器和TargetATPsite服务器预测目标蛋白质R的所有ATP绑定残基；/n3)对于每一个可能的绑定残基，若有三个及三个以上的服务器预测其为绑定残基，则将其作为绑定残基，最终得到h个蛋白质绑定残基，记为r
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