[发明专利]含假结基于扩展结构的核糖核酸折叠结构预测方法与装置

摘要

本发明提供一种含假结基于扩展结构的核糖核酸折叠结构预测方法及装置，该方法包括以下步骤：随机输入一段核糖核酸碱基序列、定义假结和扩展结构、建立包含假结和扩展结构的核糖核酸假结结构特征模型和数学模型、计算出特征模型的最小碱基自由能量、输出包含假结的核糖核酸折叠结构；该装置包括输入单元、初始化单元、存储单元、计算单元和输出单元。本发明基于扩展结构进行计算，并且引入基于扩展结构的连续堆叠和同轴堆叠，有利于形成包括连续堆叠、扩展结构、环结构和假结结构的完整准确的RNA折叠结构，搜索速度、正确率、敏感性和特异性都明显好于现有技术，在平面假结和非平面假结结构的预测上比现有技术更有效。

主权项

1.一种含假结基于扩展结构的核糖核酸折叠结构预测方法，其特征在于：包括以下步骤：(1)随机输入一段核糖核酸碱基序列，定义假结，定义扩展结构；输入一段s＝s₁s₂…s_n序列，随机查找碱基，如果存在i、j，使得s_i和s_j配对，j‑i≥3，并且s中存在三个以上连续的相邻基对s_i·s_j、s_(i+1)·s_(j‑1)。。。、s_k·s_l，则基对s_i·s_j和s_k·s_l封闭的区间确定为连续堆叠，对堆叠中所有配对的碱基进行标记；在连续堆叠封闭的游离碱基中继续查找配对的碱基，如果存在三个以上基对，确定为连续堆叠；如果存在两个以上连续堆叠的交叉，则构成假结；连续堆叠确定后，连续堆叠和包含游离碱基的两段碱基序列确定为扩展结构；假结点是由两对碱基对交叉配对而成；假结结构是由两个以上的连续堆叠或扩展结构交叉配对而成；(2)建立包含假结和扩展结构的核糖核酸假结结构特征模型和数学模型；(3)计算出特征模型的最小碱基自由能量；(4)根据最小碱基自由能量原理计算结果，输出包含假结的核糖核酸折叠结构。