[发明专利]用于分析肿瘤组织的SRM/MRM测定

摘要

本文提供了使用SRM/MRM测定来检测和定量参与由福尔马林固定肿瘤组织的生物样品制备的蛋白质消化物中的所有细胞过程的蛋白质的方法，所述细胞过程包括细胞分裂、细胞分化、细胞生长抑制、细胞代谢、细胞信号传导和肿瘤免疫应答/调节。所述SRM/MRM测定可以不管细胞的表达起源而提供整个组织微环境的肿瘤组织特征谱，其可以提供最佳的癌症疗法治疗。

主权项

1.由癌症患者获得的福尔马林固定肿瘤组织的生物样品中蛋白质表达特征谱的生成方法，所述方法包括：使用质谱法检测和定量由福尔马林固定肿瘤组织的生物样品制备的蛋白质消化物中的一种或更多种片段肽的水平；和计算福尔马林固定肿瘤组织的生物样品中相应一种蛋白质或多种蛋白质的水平；其中所述一种或更多种相应蛋白质选自由ABCG2、AIMP3、ALDH1B1、α‑连环蛋白、ARG2、ARID1A、ARID2、ATM、ATR、Bax、BCL2、Brachyury、BRCA1、BRE、CAD、Cav‑1、CD8b、CD16、CD20、CD99、CD226、CDK4、CDK6、CDK10、CDX2、CHFR、CHK1、c‑JUN、CLK4、COX41、COX5B、COX6C、DCTD、DDR1、DGKA、Diablo、DICER1、DUSP1、EIF3A、EMSY、EPCAM、ERCC2、FOXA1、FOXC1、FOXC2、FOXF2、γ‑连环蛋白、GDA、GJA1、GLS、GLUT1、GSTM1、GSTM3、GSTP1、GSTT1、HAI2、hCNT3、HDAC6、HK2、HLA‑A、HLA‑B、HLA‑DMA、HLA‑DQA1、HLA‑DRA、HPV16E6、HR23B、IDH1、IDH2、IGF2、IGF2BP3、IKZF1、IKZF3、IL13RA2、IL‑15、IL‑8、IRS2、LAG3、LGR5、LIG4、MCT1、MENA、MENAINV、MFF、MIG6、MLH1、MMP7、MMP9、MRE11、MSH2、MSH6、MUC4、ND1、NEDD8、Nibrin、NKp30、NKp44、NKp80、NNMT、NT5C、NT5C2、NT5C3A、P21、P27、PARP1、PARP16、PARP4、桩蛋白、PDK1、PD‑L2、PFKFB3、PI3KCA、PIM1、PIM2、PKM、PMS2、PSMA、PRKDC、QPRT、RAD50、SAMHD1、SIAH2、SIRT1、SLAMF6、SLC34A2、SLC46A1、SMARCA4、SMO、SOD1、SOD2、SOX9、SPRY2、TBX21、TJP1、TMSB15A、TPX2、TRIM24、TRKA、WT‑1、XPO1、XRCC4、XRCC5、XRCC6、AMD1、FCER1G、RAD51C、PML、IL12RB2、SPAG5、NRAS、HRAS、MLH3、CEACAM6、LGALS9、RPA2、RPA1、FEN1、LIG3、BLM、B2M、RNPEP、IL12A、IL12B、YES1、NTRK1、NTRK2、NTRK3和RB1组成的组。