[发明专利]用于分析肿瘤组织的SRM/MRM测定

说明书

本文提供了使用SRM/MRM测定来检测和定量参与由福尔马林固定肿瘤组织的生物样品制备的蛋白质消化物中的所有细胞过程的蛋白质的方法，所述细胞过程包括细胞分裂、细胞分化、细胞生长抑制、细胞代谢、细胞信号传导和肿瘤免疫应答/调节。所述SRM/MRM测定可以不管细胞的表达起源而提供整个组织微环境的肿瘤组织特征谱，其可以提供最佳的癌症疗法治疗。

交叉引用申请

本申请要求2018年3月9日提交的美国临时申请No.62/640,632的权益，其全部内容通过引用结合于此。

技术领域

提供了用于对从癌症患者获得的肿瘤组织进行基于质谱的定量蛋白质组学分析的方法，以用于个性化患者肿瘤特征谱(patient tumorprofile)。对患者肿瘤组织进行的这些蛋白质测定可以检测和定量蛋白质，所述蛋白质：1)与基于免疫的癌症治疗的阳性或阴性响应(response)相关，其中所述测定能够有效地预测对基于免疫的癌症治疗的阳性或阴性响应，2)与分子靶向癌症治疗的阳性或阴性响应相关，其中所述测定能够预测对分子靶向癌症治疗的阳性或阴性响应，3)启动、抑制、维持、促进和/或以其他方式调节患者自身的免疫系统以攻击患者自身的肿瘤细胞。由这些方法提供的癌症患者肿瘤组织蛋白质组特征谱(proteomicprofile)用作改进的癌症治疗方法的一部分，所述癌症治疗方法采用被设计用于特异性攻击和杀死肿瘤细胞或操纵患者肿瘤免疫应答以杀死肿瘤细胞的癌症治疗剂。

背景技术

在肿瘤细胞中异常表达并驱使肿瘤细胞生长和存活的蛋白质(癌症生物标志物)的小分子和生物抑制剂被用作针对多种癌症的治疗剂。异常表达并驱使肿瘤细胞生长和存活的癌症生物标志物蛋白的实例包括Met、IGF-1R和Her2。已经开发了癌症治疗剂以与这些蛋白质直接相互作用，因此，直接检测患者肿瘤组织中这些蛋白质的表达和定量这些蛋白质可以用作选择和施用治疗剂或药剂组合的治疗方案的一部分，这将抑制这些蛋白质的功能，防止肿瘤细胞生长并促进患者的整体存活。经特异性蛋白酶消化的肽来源自经组织显微切割从患者肿瘤组织中提取的肿瘤细胞中表达的蛋白质，通过所述经特异性蛋白酶消化的肽的质谱-SRM/MRM分析，可以有效地进行肿瘤组织中，尤其是存在于这样组织中的肿瘤细胞中蛋白质的精确检测和定量。在单个SRM/MRM测定中一次性定量这样的蛋白质组提供了蛋白质表达景观(expression landscape)的“特征谱(profile)”或“特征(signature)”，用于为肿瘤细胞靶向癌症治疗剂提供信息。可用作使用靶向治疗剂的治疗方案的一部分的定量测定的实例包括IGF-1R蛋白(参见美国专利8,728,753)和cMet蛋白(参见美国专利9,372,195)。

设计用于特异性抑制驱使癌症过程的蛋白质功能并因此阻止肿瘤细胞生长的癌症治疗剂的另一个实例是曲妥珠单抗(trastuzumab)。除其他以外，以品牌进行销售的曲妥珠单抗是一种单克隆抗体，主要用于治疗乳腺癌，也用于治疗肿瘤组织内肿瘤细胞中表达Her2受体蛋白的其他癌症。曲妥珠单抗与Her2受体蛋白的细胞外区段的结构域IV结合。用曲妥珠单抗治疗的肿瘤细胞在细胞周期的G1期期间停止，因此增殖减少。有人提出曲妥珠单抗不会改变Her-2基因的表达，但会下调AKT的活化。此外，曲妥珠单抗通过诱导抗血管生成因子和抑制促血管生成因子来抑制血管生成。据认为，对癌症中观察到的不受调节的生长做出贡献可能是由于Her2蛋白的蛋白水解切割导致细胞外结构域的释放。曲妥珠单抗也被证明可抑制乳腺癌细胞中的Her2胞外域切割，这也有助于抑制肿瘤细胞的生长。