[发明专利]一种蛋白质糖化位点鉴定方法

摘要

本申请提供了一种蛋白质糖化位点鉴定方法，收集糖化位点训练数据集，从所述糖化位点训练数据集中提取肽链，利用肽链数字矢量、肽链中氨基酸的可及表面积、肽链中氨基酸的二级结构概率和肽链的灰色关联度来编码表征蛋白质，选用最大相关性最小冗余(mRMR)特征选择算法找到最佳特征集，然后在支持向量机上训练获得预测器，从而进行蛋白质糖化位点鉴定。本申请提供的蛋白质糖化位点鉴定方法，充分考虑肽链中氨基酸序列、肽链中氨基酸的可及表面积、肽链中氨基酸的二级结构概率和肽链的灰色关联度，有助于提高蛋白质糖化位点鉴定的准确性。

主权项

1.一种蛋白质糖化位点鉴定方法，其特征在于，所述方法包括：收集糖化位点训练数据集，从所述糖化位点训练数据集中提取肽链P＝A_‑ηA_‑(η‑1)...A_‑2A_‑1KA₁A₂...A_η‑1A_η，K为赖氨酸，η是赖氨酸上游或下游的氨基酸数量，A为20种天然氨基酸之一；采用20维二进制编码表示所述肽链中的氨基酸，将所述肽链转换为20(2η+1)维数字矢量；计算所述肽链中氨基酸的可及表面积；计算所述肽链中氨基酸的二级结构概率；计算所述肽链的灰色关联度；获取所述肽链的特征数字向量，所述特征数字向量包括所述20(2η+1)维数字矢量、所述肽链中氨基酸的可及表面积、所述肽链中氨基酸的二级结构概率和所述肽链的灰色关联度；基于最大相关性最小冗余算法从所述特征数字向量中筛选若干特征，获得最佳特征集；根据所述最佳特征集，基于支持向量机训练获得预测器；基于所述预测器鉴定蛋白质糖化位点。