[发明专利]一种在全基因组水平上预测植物内源siRNA的方法有效
| 申请号： | 201910020480.0 | 申请日： | 2019-01-09 |
| 公开（公告）号： | CN109754844B | 公开（公告）日： | 2020-09-01 |
| 发明（设计）人： | 张德强;卜琛皞;宋跃朋 | 申请（专利权）人： | 北京林业大学 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00 |
| 代理公司： | 北京高沃律师事务所 11569 | 代理人： | 刘奇 |
| 地址： | 100000 *** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明提供了一种在全基因组水平上预测植物内源siRNAs的方法，属于生物信息学技术领域，所述方法利用MITE‑Hunter在植物全基因组序列数据中检测MITEs元件，并以此为基础，预测24‑nt siRNA，最后运用Pln24NT验证siRNA。本发明联合这两个生物信息学工具能够增加预测通量，进而在大数据量的基础上快速预测出siRNA，并且该方法是一种植物普遍适用的方法。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基因组 水平 预测 植物 内源 sirna 方法 | ||
【主权项】：
1.一种在全基因组水平上预测植物内源siRNAs的方法，包括以下步骤：1)利用MITE‑Hunter，从全基因组序列数据中筛选得到候选MITEs元件；2)利用多序列比对方法对步骤1)所述候选MITEs元件进行分析，过滤假阳性结果，得到MITEs元件样本；3)从步骤2)所述MITEs元件样本中抽取每个MITEs元件样本两端长度为40～60bp的序列，得到待分析序列；4)对步骤3)所述待分析序列进行互补blast分析，筛选错配为0、序列长度为24～100nt的序列，得到候选siRNA；5)利用Pln24NT软件，将步骤4)所述候选siRNA与数据库中已有的siRNA进行比对，比对结果一致的siRNA为植物内源siRNAs。
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