[发明专利]药效团模型的批量生成方法在审
| 申请号： | 201811562252.8 | 申请日： | 2018-12-20 |
| 公开（公告）号： | CN109712720A | 公开（公告）日： | 2019-05-03 |
| 发明（设计）人： | 周凌霄;王曼 | 申请（专利权）人： | 周凌霄 |
| 主分类号： | G16H70/40 | 分类号： | G16H70/40 |
| 代理公司： | 上海邦德专利代理事务所(普通合伙) 31312 | 代理人： | 余昌昊 |
| 地址： | 200341 上海市*** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明提出了一种药效团模型的批量生成方法，通过计算机脚本自动下载PDB库中所述的蛋白质复合体结构的PDB文件，自动识别并且保留文件中所需蛋白质复合体；再从虚拟文件库中调取所需蛋白质复合体结合所需的链，并且将获取的蛋白质序列转换为FASTA格式；接着根据从PDB文件中调取的不同蛋白质链间相邻氨基酸信息以及可结合信息进行自动分段和重组的信息，从而形成新的SD文件和PDB文件；最后通过脚本的自身的分析，批量生成所需的药效团模型，实现蛋白质间以及蛋白质间的药效团模型的构建，整个操作全自动完成，并且建立于生物学的PDB文件资料的基础之上，模型建立精准且高效。 | ||
| 搜索关键词： | 药效团模型 蛋白质复合体 蛋白质 调取 蛋白质序列 计算机脚本 相邻氨基酸 保留文件 模型建立 文件资料 虚拟文件 整个操作 自动分段 自动识别 自动下载 脚本 构建 生物学 转换 分析 | ||
【主权项】：
1.一种药效团模型的批量生成方法，其特征在于，包括步骤：步骤一、自动下载PDB库中所需蛋白质复合体结构的PDB文件；步骤二、自动识别并保留存在于需求物种中的蛋白质复合体；步骤三、自动获取蛋白质中需求的链，并将获取的蛋白质序列转换为FASTA格式；步骤四、自动通过PDB文件中的空间信息获取不同蛋白质链间相邻氨基酸信息以及可结合性信息；步骤五、自动分段、重组氨基酸序列，并重新根据接触面重新整合成一系列新的SD文件和PDB文件；步骤六、运用软件和脚本根据新的SD文件和PDB文件自动批量生成对应的药效团模型。
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