[发明专利]基于动态加权蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物挖掘方法

摘要

本公开提供一种基于动态加权蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物挖掘方法，包括以下步骤：利用基因表达谱数据过滤不具有活性的蛋白质，构建动态蛋白质相互作用网络，再利用综合权值度量为动态蛋白质相互作用网络加权并添加新的相互作用，进而构建动态加权蛋白质相互作用网络；利用蛋白质的关键性和复合物的内在属性来构建蛋白质复合核；采用模糊粒度的相似度函数改进蚁群算法的拾起规则，利用紧密度优化放下规则，实现蛋白质复合物的挖掘；利用局部权值更新策略来实现不同代蚁群之间的最优解信息的传递，采用全局权值更新策略实现相邻时刻动态加权蛋白质相互作用网络之间的功能信息传递；以及输出挖掘出的蛋白质复合物。

主权项

1.一种基于动态加权蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物挖掘方法，其特征在于，包括以下步骤：构建动态加权蛋白质相互作用网络：输入蛋白质相互作用数据、基因表达谱数据和基因本体信息，将蛋白质相互作用网络数据进行去重操作，利用所述基因表达谱数据过滤不具有活性的蛋白质，从而构建动态蛋白质相互作用网络，再利用综合权值度量为所述动态蛋白质相互作用网络加权并添加新的相互作用，进而构建所述动态加权蛋白质相互作用网络；构建蛋白质复合核：输入各个时刻的动态加权蛋白质相互作用网络和关键蛋白质集合，采用点边聚集系数优化种子节点的选取，利用蛋白质的关键性和复合物的内在属性来构建蛋白质复合核；蚁群聚类：采用模糊粒度的相似度函数改进蚁群算法的拾起规则，不断装载蛋白质结点形成初始的聚类结果，利用紧密度优化放下规则，对初始聚类结果进行修正，进而实现蛋白质复合物的挖掘；全局和局部权值更新：利用局部权值更新策略来实现不同代蚁群之间的最优解信息的传递，采用全局权值更新策略实现相邻时刻所述动态加权蛋白质相互作用网络之间的功能信息传递；以及输出结果：输出挖掘出的蛋白质复合物。