[发明专利]一种生物学基因DNA序列比对方法

摘要

本发明公开了一种生物学基因DNA序列比对系统，系统包括序列检索比对模块、检索历史模块、序列提交模块、提交ID查询模块和提交历史查询模块，其中检索历史模块从序列检索比对模块中读取用户的查询记录，检索历史模块分为读取用户未登录状态和用户登录状态，如果是未登录状态则输出需要登陆的信息，如果是用户登录状态则读取相关用户的查询记录，提交ID查询模块从序列提交模块中读取特定ID的记录详细信息，提交历史查询模块从序列提交模块中读取对应用户的提交记录。另外，还公开了一种获取生物学基因DNA序列的方法，包括三个步骤：提取样本DNA，PCR扩增和PCR扩增片段测序。本发明解决了基因序列数据库的垄断问题和国内对现有比对系统使用的局限问题。

主权项

1.一种生物学基因DNA序列比对方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)提取样本DNA；(2)PCR扩增，增线粒体DNA上12S rRNA基因片段采用通用引物，扩增线粒体DNA上Cyt b基因片段采用自设计引物，12S rRNA基因片段和Cyt b基因片段均采用相同反应体系，反应体积为25μL，其中含2.5pmol/μL引物各2μL，2.5mM dNTPs 2μL，1.25U Ex Taq酶0.25μL，10×buffer 2.5μL，25mM MgCl₂ 1.5μL，10～20ng/μL模板1～2μL，其他为灭菌蒸馏水；93℃或94℃预变性3min；93℃或94℃变性30s，54℃—57℃之间任意温度退火30s，72℃延伸40s—1min，30—40个循环；72℃延伸7min—10min；4℃—8℃低温保温；扩增产物经1％—1.5％琼脂糖凝胶电泳，在凝胶成像系统上检测、成像；(3)PCR扩增片段测序，PCR产物用PCR产物纯化，以纯化产物为模板DNA，用测序试剂盒进行测序，操作按试剂盒说明PCR扩增，扩增产物经甲酰胺变性后，用测序仪测序，所得序列即样本线粒体基因片段DNA序列；固体样本能直接剪取适量于离心管中，液体样本采用DNA提取试剂盒提取，然后采用分光光度法检测样本DNA的纯度和浓度，将样品总DNA置于‑20℃保存；上述方法使用的系统包括序列检索比对模块、检索历史模块、序列提交模块、提交ID查询模块和提交历史查询模块，其中，所述检索历史模块从所述序列检索比对模块中读取用户的查询记录，检索历史模块分为读取用户未登录状态和用户登录状态，如果是未登录状态则输出需要登陆的信息，如果是用户登录状态则读取相关用户的查询记录，所述提交ID查询模块从所述序列提交模块中读取特定ID的记录详细信息，所述提交历史查询模块从所述序列提交模块中读取对应用户的提交记录，具体包括：序列检索比对模块：用户进行查询操作时，根据用户登录状态会把ip地址mac地址、操作系统类型、浏览器类型、查询序列、时间戳、ip对应地理位置存入数据表中，未登录用户会将数据存入seq_his_notlogin表中，每一条记录表示一次查询，登录用户的查询历史会存入seq_his_user表中，一条记录代表一位用户的所有查询历史，在存储查询历史的时候会遍历seq_ns表进行序列比对，将比对结果或者错误信息输出到前台页面；检索历史模块：读取用户登录状态，如果用户未登录则输出需要登陆的信息，如果用户已经登陆，读取seq_his_user表中相关用户的查询记录，如果记录不存在或者读取失败则调试输出相关错误信息，记录存在则进行字符串的分割，分割为数组输出到前台；序列提交模块：读取用户登录状态，如果用户登录则将序列id与用户名存入upload_his表中，一条记录代表一个用户的所有提交历史，将序列详细情况存入seq_upload中；提交ID查询模块：读取seq_upload表中特定id的序列情况，如果不存在则输出错误信息，存在则输出特定id的记录详细信息；提交历史查询模块：读取用户登录状态，如果用户登录则去upload_his表中读取对应用户的提交记录，分割为数组进行输出，如果用户未登录则提示登录。