[发明专利]一种生物学基因DNA序列比对方法

说明书

本发明公开了一种生物学基因DNA序列比对系统，系统包括序列检索比对模块、检索历史模块、序列提交模块、提交ID查询模块和提交历史查询模块，其中检索历史模块从序列检索比对模块中读取用户的查询记录，检索历史模块分为读取用户未登录状态和用户登录状态，如果是未登录状态则输出需要登陆的信息，如果是用户登录状态则读取相关用户的查询记录，提交ID查询模块从序列提交模块中读取特定ID的记录详细信息，提交历史查询模块从序列提交模块中读取对应用户的提交记录。另外，还公开了一种获取生物学基因DNA序列的方法，包括三个步骤：提取样本DNA，PCR扩增和PCR扩增片段测序。本发明解决了基因序列数据库的垄断问题和国内对现有比对系统使用的局限问题。

技术领域

本发明属于微生物的测定和检验技术领域，具体涉及一种生物学基因DNA序列比对系统以及获取DNA序列的方法。

背景技术

核苷酸序列(nucleotide sequence)是生物体遗传信息的载体，是现代生物学和生态学研究的基础数据。随着DNA提取和测序技术的进步，大量核苷酸序列被提取并存储在公共数据平台中。快速积累的基因数据极大地促进分子生物学、分子生态学、宏观生态学等相关学科的发展，使当前的生物学与生态学研究进入了基因时代。

随着野生动植物案件的增多，实验室提取到大量不确定物种的DNA片段，为了能够确定片段所属物种、为案件提供证据支持，各个组织对公共数据平台中已知物种的DNA序列进行整理分类，以自己的基因序列库为基础建立基因序列比对系统。在各个提供序列比对服务的组织中，美国国家生物技术信息中心(National Center for BiotechnologyInformation，NCBI)建立了目前世界上最大的核苷酸序列数据平台GenBank，自GenBank开放序列上传的功能之后，各个实验室纷纷将自己实验室获取的序列进行上传，希望与其他生物学工作者共同建成一个最具权威的基因序列比对平台。

GenBank收录了海量的基因序列数据，截至2015年2月，GenBank收录的基因序列总数已超过1.8亿条，序列长度总和已超过1012个碱基对，覆盖全球30多万个物种。它可以说是目前世界上增长最快、信息量最大的文献记录数据库。数据多自然导致数据的准确性下降，一方面原因是序列本身的特殊性，非原始实验室很难进行后期验证，另一方面是GenBank组织没有足够的人力与众多提交序列的实验室进行沟通确认序列情况，进而导致Genbank上出现了类似存储的奶牛和绵羊的基因组草图中发现了淋球菌这种低级错误。任何系统搭建与后期维护都需要资金，而GenBank数据库平台以十亿为数量级单位，维护成本比较高。最后，GenBank的开放性难以得到保证，因此，这些缺陷需要应用新的技术来弥补。

发明内容

针对GenBank平台存在的缺陷，本发明提出一种生物学基因DNA序列比对系统以及获取DNA序列的方法，可以有效解决GenBank数据库平台维护成本高、开放性差的不足。

为实现上述目的，本发明采用的技术方案为一种生物学基因DNA序列比对系统，该系统包括序列检索比对模块、检索历史模块、序列提交模块、提交ID查询模块和提交历史查询模块，其中，所述检索历史模块从所述序列检索比对模块中读取用户的查询记录，检索历史模块分为读取用户未登录状态和用户登录状态，如果是未登录状态则输出需要登陆的信息，如果是用户登录状态则读取相关用户的查询记录，所述提交ID查询模块从所述序列提交模块中读取特定ID的记录详细信息，所述提交历史查询模块从所述序列提交模块中读取对应用户的提交记录。

序列检索比对模块在用户进行查询操作时，根据用户登录状态会把用户信息存入数据表中，如果是未登录用户会，则将数据存入一个未登录用户表中，每一条记录表示一次查询；如果是登录用户，其查询历史会存入特定的登录用户表中，一条记录代表一位用户的所有查询历史；在存储查询历史的时候会遍历存储全体遗传信息载体的表格进行序列比对，并将比对结果或者错误信息输出到前台页面。