[发明专利]一种对虾健康状况指示菌群的筛选方法

摘要

本发明公开了一种基于肠道指示细菌的对虾病害定量预测方法，特点是基于生物信息学筛选对虾健康状况指示细菌门，并基于对虾肠道菌群组成特征设计特异性引物；采用实时定量PCR检测健康指示细菌门相对丰度，以健康指示细菌门相对丰度及其指示权重为自变量自建预测模型实现对虾养殖病害定量预测，优点是区分了不同生长阶段和病害对肠道菌群的影响，提高了预测的准确率，同时建立了廉价的定量预测病害方法，具有很高的实际应用价值，能够为制定应对干预措施提供依据，如设计益生菌群，对于降低对虾养殖风险起到良好推动作用。

主权项

一种基于肠道指示细菌的对虾病害定量预测方法，其特征在于包括以下步骤：前期采用Illumina高通量测序方法分别获得不同生长阶段健康对虾在和发病对虾的肠道细菌群落组成和丰度信息，先以虾龄为主因子利用随机森林模型筛选出健康对虾在不同生长阶段的特征细菌种群，定义为虾龄指示菌群；在肠道细菌群落组成中删除虾龄指示菌群后，以健康状况为主因子筛选出对虾健康状况指示菌群；针对对虾肠道菌群的组成特点，设计健康状况指示菌群的特异性引物，通过定量PCR检测获得健康状况指示菌群的相对丰度，以健康状况指示细菌群的相对丰度及其指示权重为为自变量，建立预测模型，利用预测模型定量预测对虾发病概率。