[发明专利]一种突变蛋白的检测方法及装置有效

专利信息
申请号: 201710429915.8 申请日: 2017-06-09
公开(公告)号: CN107403074B 公开(公告)日: 2018-05-29
发明(设计)人: 张耀洲;冯建华;吴玉乾;张树军;李冬梅;焦春彬;陈玉皎;胖铁良;王文雅 申请(专利权)人: 天津市湖滨盘古基因科学发展有限公司
主分类号: G06F19/18 分类号: G06F19/18;G06F19/28
代理公司: 暂无信息 代理人: 暂无信息
地址: 300300 天津市*** 国省代码: 天津;12
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摘要: 发明提供了一种突变蛋白的检测方法及装置,方法包括:获取样品对应的转录组数据;将所述转录组数据与线粒体数据库进行比对,根据与线粒体数据库的比对结果输出非线粒体序列;将非线粒体序列中的核苷酸序列转化成氨基酸序列,并将转化后的氨基酸序列与蛋白数据库进行比对,并在与蛋白数据库的比对结果中提取同源率在第一设定范围内、且氨基酸长度在第二设定范围内的氨基酸序列;将提取的同源率在第一设定范围内、且氨基酸长度在第二设定范围内的氨基酸序列与NCBI进行比对,根据与NCBI的比对结果确定发生了突变的蛋白。本方案可以检测出样品中发生了突变的蛋白。
搜索关键词: 氨基酸序列 比对结果 比对 蛋白数据库 线粒体序列 突变蛋白 线粒体 转录组 氨基酸 同源 检测 突变 数据库 蛋白 核苷酸序列转化 输出 转化
【主权项】:
1.一种突变蛋白的检测方法,其特征在于,包括:获取样品对应的转录组数据;将所述转录组数据与线粒体数据库进行比对,根据与线粒体数据库的比对结果输出非线粒体序列;其中,线粒体数据库中包括若干条线粒体数据;将非线粒体序列中的核苷酸序列转化成氨基酸序列,并将转化后的氨基酸序列与蛋白数据库进行比对,并在与蛋白数据库的比对结果中提取同源率在第一设定范围内、且氨基酸长度在第二设定范围内的氨基酸序列;将提取的同源率在第一设定范围内、且氨基酸长度在第二设定范围内的氨基酸序列与NCBI进行比对,根据与NCBI的比对结果确定发生了突变的蛋白;所述将所述转录组数据与线粒体数据库进行比对,根据与线粒体数据库的比对结果输出非线粒体序列,包括:针对所述转录组数据在线粒体数据库中进行遍历,若未遍历到所述转录组数据,则将所述转录组数据作为非线粒体序列输出。
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