[发明专利]一种突变蛋白的检测方法及装置有效
申请号: | 201710429915.8 | 申请日: | 2017-06-09 |
公开(公告)号: | CN107403074B | 公开(公告)日: | 2018-05-29 |
发明(设计)人: | 张耀洲;冯建华;吴玉乾;张树军;李冬梅;焦春彬;陈玉皎;胖铁良;王文雅 | 申请(专利权)人: | 天津市湖滨盘古基因科学发展有限公司 |
主分类号: | G06F19/18 | 分类号: | G06F19/18;G06F19/28 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 300300 天津市*** | 国省代码: | 天津;12 |
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摘要: | 本发明提供了一种突变蛋白的检测方法及装置,方法包括:获取样品对应的转录组数据;将所述转录组数据与线粒体数据库进行比对,根据与线粒体数据库的比对结果输出非线粒体序列;将非线粒体序列中的核苷酸序列转化成氨基酸序列,并将转化后的氨基酸序列与蛋白数据库进行比对,并在与蛋白数据库的比对结果中提取同源率在第一设定范围内、且氨基酸长度在第二设定范围内的氨基酸序列;将提取的同源率在第一设定范围内、且氨基酸长度在第二设定范围内的氨基酸序列与NCBI进行比对,根据与NCBI的比对结果确定发生了突变的蛋白。本方案可以检测出样品中发生了突变的蛋白。 | ||
搜索关键词: | 氨基酸序列 比对结果 比对 蛋白数据库 线粒体序列 突变蛋白 线粒体 转录组 氨基酸 同源 检测 突变 数据库 蛋白 核苷酸序列转化 输出 转化 | ||
【主权项】:
1.一种突变蛋白的检测方法,其特征在于,包括:获取样品对应的转录组数据;将所述转录组数据与线粒体数据库进行比对,根据与线粒体数据库的比对结果输出非线粒体序列;其中,线粒体数据库中包括若干条线粒体数据;将非线粒体序列中的核苷酸序列转化成氨基酸序列,并将转化后的氨基酸序列与蛋白数据库进行比对,并在与蛋白数据库的比对结果中提取同源率在第一设定范围内、且氨基酸长度在第二设定范围内的氨基酸序列;将提取的同源率在第一设定范围内、且氨基酸长度在第二设定范围内的氨基酸序列与NCBI进行比对,根据与NCBI的比对结果确定发生了突变的蛋白;所述将所述转录组数据与线粒体数据库进行比对,根据与线粒体数据库的比对结果输出非线粒体序列,包括:针对所述转录组数据在线粒体数据库中进行遍历,若未遍历到所述转录组数据,则将所述转录组数据作为非线粒体序列输出。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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