[发明专利]基于多目标粒子群优化的蛋白质结构预测方法在审
| 申请号： | 201710244181.6 | 申请日： | 2017-04-14 |
| 公开（公告）号： | CN107025383A | 公开（公告）日： | 2017-08-08 |
| 发明（设计）人： | 沈红斌;耿玲 | 申请（专利权）人： | 上海交通大学 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18;G06F19/16 |
| 代理公司： | 上海伯瑞杰知识产权代理有限公司31227 | 代理人： | 李庆 |
| 地址： | 200240 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明提供一种基于多目标粒子群优化的蛋白质结构预测方法，包括步骤S1在一待预测的蛋白质序列中选择需要优化的n个不同初始结构作为n个目标粒子，并将每一所述目标粒子的位置坐标以构象表示的形式表示，n为大于零的自然数；S2对一更新公式进行参数设置；S3根据所述更新公式对三目标能量公式进行迭代，并获得一更优解集；S4处理所述最优解集获得一最优解，并将所述最优解作为所述目标粒子的预测位置。本发明的一种基于多目标粒子群优化的蛋白质结构预测方法，采用多目标粒子群方法，针对力场函数或能量函数不准确的问题采用三个能量函数进行多目标搜索，具有有效性高和预测准确性高的优点。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 多目标 粒子 优化 蛋白质 结构 预测 方法 | ||
【主权项】：
一种基于多目标粒子群优化的蛋白质结构预测方法，包括步骤：S1：在一待预测的蛋白质序列中选择需要优化的n个不同初始结构作为n个目标粒子，并将每一所述目标粒子的位置坐标以构象表示的形式表示，n为大于零的自然数；S2：对一更新公式进行参数设置；S3：根据所述更新公式对三目标能量公式进行迭代，并获得一更优解集；S4：处理所述最优解集获得一最优解，并将所述最优解作为所述目标粒子的预测位置。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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