[发明专利]无参转录组自动化分析方法在审
申请号: | 201611187563.1 | 申请日: | 2016-12-20 |
公开(公告)号: | CN106778064A | 公开(公告)日: | 2017-05-31 |
发明(设计)人: | 沈立;王智健;姜丽荣;孙子奎 | 申请(专利权)人: | 上海派森诺生物科技股份有限公司 |
主分类号: | G06F19/18 | 分类号: | G06F19/18 |
代理公司: | 上海天翔知识产权代理有限公司31224 | 代理人: | 吕伴 |
地址: | 200231 上海市*** | 国省代码: | 上海;31 |
权利要求书: | 查看更多 | 说明书: | 查看更多 |
摘要: | 本发明公开的一种无参转录组自动化分析方法,包括如下步骤1)输入要进行分析的项目信息步骤;2)开始标准分析步骤;3)查看程序输出和运行日志步骤。本发明的有益效果在于基于Perl语言和PBS集群管理软件的自动化分析流程,可进行批量项目分析,自动衔接分析项目,提高服务器使用效率,减少分析人员的分析压力,便于控制分析内容。 | ||
搜索关键词: | 转录 自动化 分析 方法 | ||
【主权项】:
一种无参转录组自动化分析方法,其特征在于,包括如下步骤:1)输入要进行分析的项目信息步骤将项目开题单号、物种类型、email、KAAS注释参考物种、样品过滤数据、样品分组以及需要分析的项目以一行表示一个信息进行输入;2)开始标准分析步骤根据步骤1)所设定的需要分析的项目,进行后续分析,该步骤默认的标准流程包括转录本拼接、Unigene聚类、Unigene功能注释、表达定量、表达差异富集分析以及结构分析;3)查看程序输出和运行日志步骤在分析进行过程中,如果程序出现问题,会将错误信息保存到对应的分析项目的目录下,同时分析流程使用的命令也会写入日志文件;通过检查日志文件和错误信息,保证分析结果的正确性。
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