[发明专利]一种批量设计融合PCR引物的方法

摘要

本发明提供一种批量设计融合PCR引物的方法，由预先安装的python程序读取用户准备的自定义输入文件，目标染色体序列文件，以及实验载体候选酶切位点文件，然后程序根据用户输入的设计引物长度等信息，基于程序内部算法设计引物，最终输出引物设计结果文件。结果文件表头保留了目标引物的特异性信息，可读性强。该方法基于python程序实现，可移植于windows、linux等主流操作系统，适用于多物种全基因组区域的融合PCR引物设计，有效解决了融合PCR引物批量设计的难题。

主权项

1.一种批量设计融合PCR引物的方法，其特征在于：包括以下步骤：1)根据具体实验研究的互作对建立输入文件，输入文件记录了互作对的名称以及组成对应互作对的两个序列片段在染色体上的位置信息；下载相应染色体的序列文件，并根据选择的目标载体建立候选酶切位点列表文件；2)利用批处理程序，根据所述两个序列片段在染色体上的位置信息、相应染色体的序列、候选酶切位点以及预设的与引物设计有关的信息，完成对应互作对的引物设计，然后将引物设计结果输出到结果文件中，所述与引物设计有关的信息包括引物GC含量、引物长度以及融合PCR引物互补长度；所述引物设计具体包括以下步骤：2.1)从所述染色体的序列上截取对应互作对的两个序列片段；2.2)逐步截短步骤2.1)截取的两个序列片段直至获得在最短截短长度条件下满足GC含量要求的上、下游引物，在该上、下游引物基础上构建融合PCR引物；2.3)从候选酶切位点列表中，选择两个相距最远且不包含在经步骤2.2)最终截短后的两个序列片段内的酶切位点；2.4)将步骤2.3)选择的酶切位点的序列添加至所述融合PCR引物上。