[发明专利]一种无创产前生物信息检测分析方法

摘要

本发明涉及医学检测领域，具体公开了一种无创产前生物信息检测分析方法。为了提高对不同数量待测样本分析的准确性，本发明根据不同的待测样本数量选择不同的检测分析方法，利用待测样本所获得的参数和正常参考集所获得的参数采取不同的分析策略，更大程度上提升分析的准确度。本发明采用稳健回归和CV回归很好的解决了现有技术使用整条染色体方法矫正的过程中，使用最小二乘法回归，异常数据讲对斜率产生较大的影响，造成回归的结果不太准确的问题，保证了样本分析的稳健性和准确性。本发明原创了一套利用ZZ值判定性染色体的异常的分析方法；使用ZZ值法进行染色体异常的判定，更符合相关的统计学判定标准，并且结果会更加准确，增加了判定性染色体异常的方法的可靠性。

主权项

1.一种无创产前生物信息检测分析方法，其特征在于，根据不同的待测样本数量选择下述(1)～(3)之一的分析方法：(1)当待测样本数≤10时：S1、构建正常参考集并计算Slope、GC均值、矫正后的NCR均值和矫正后的NCR的SD；S2、计算每个待测样本每条染色体的NCR值和GC含量值，利用正常参考集计算得到的对应染色体的Slope和GC均值，根据公式1计算出待测样本每条染色体的矫正后的NCR；S3、利用正常参考集计算得到的矫正后的NCR均值、矫正后的NCR的SD和S2计算得到的每条染色体矫正后的NCR，通过公式2计算每个样本的常染色体的Z值和性染色体Z值，随后根据X、Y染色体的Z值来计算ZZ值；公式1：公式2：其中，GCcontent代表某条染色体的GC含量，μ_GCcontent代表GC均值，为矫正后的NCR均值，为矫正后的NCR的SD；(2)当10＜待测样本数≤30时：S1、构建正常参考集并计算矫正后的NCR的SD；S2、计算每个待测样本每条染色体的NCR值和GC含量值；采用待测样本构建待测参考集，计算其Slope、GC均值和矫正后的NCR均值，并根据公式1计算出待测样本每条染色体的矫正后的NCR；S3、利用正常参考集计算得到的矫正后的NCR的SD、待测参考集计算得到的矫正后的NCR均值和S2计算得到的每条染色体矫正后的NCR，通过公式2计算每个样本的常染色体的Z值和性染色体Z值，随后根据X、Y染色体的Z值来计算ZZ值；(3)当待测样本数＞30时：S1、采用待测样本构建待测参考集，并计算Slope、GC均值和矫正后的NCR均值和矫正后的NCR的SD；S2、计算每个待测样本每条染色体的NCR值和GC含量值；利用待测参考集计算得到的Slope和GC均值，根据公式1计算出待测样本每条染色体的矫正后的NCR；S3、利用待测参考集计算得到的矫正后的NCR均值、矫正后的NCR的SD和S2计算得到的每条染色体矫正后的NCR，通过公式2计算每个样本的常染色体的Z值和性染色体Z值，随后根据X、Y染色体的Z值来计算ZZ值；ZZ值计算方法：其中chrXZscore_corrected为X染色体矫正后的chrX的Z值，为矫正后chrX的Z值的均值，为矫正后的chrX的Z值的SD；其中，正常参考集或待测参考集计算Slope、GC均值、矫正后的NCR均值和矫正后的NCR的SD的方法如下：1)将样本上机测序，过滤掉低质量和空接头的reads，保留符合质控标准的reads；2)将符合质控标准的reads与人类基因组标准序列hg19进行比对，统计比对上hg19的reads坐标位置，计算每条染色体的比对上的reads数、完美比对无重复的reads数参数，同时计算每条染色体完美比对无重复的reads数相对应的GC含量；3)将reads数据均一化得到NCR值；4)针对每条常染色体，根据其GC含量和NCR值使用稳健回归的方法和CV回归的方法进行矫正，得到回归的Slope与GC均值，然后分别针对每一条常染色体分别得到矫正后的NCR值；针对每一条染色体矫正后NCR的样本集，得到矫正后的NCR均值和NCR的SD；针对性染色体只保留女性样本，针对女性样本的筛选标准是Y染色体NCR值小于0.02；然后分别根据X染色体和Y染色体的GC含量和NCR值使用稳健回归的方法和CV回归的方法进行矫正，得到回归的Slope与GC均值，继而计算得到X染色体和Y染色体Slope，GC均值，根据公式计算X、Y染色体矫正后的NCR均值和矫正后的NCR的SD。