[发明专利]一种基因组数据压缩方法有效
| 申请号： | 201610327658.2 | 申请日： | 2016-05-17 |
| 公开（公告）号： | CN106021985B | 公开（公告）日： | 2019-03-29 |
| 发明（设计）人： | 詹东亮;范崇仪;王鹏飞;刘夏阳;沈仲佶;郝美荣;苏莎 | 申请（专利权）人： | 杭州和壹基因科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B20/30 | 分类号： | G16B20/30 |
| 代理公司： | 杭州中成专利事务所有限公司 33212 | 代理人： | 唐银益 |
| 地址： | 310052 浙江省杭州市滨*** | 国省代码： | 浙江;33 |
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| 摘要： | 本发明提供一种基因组数据压缩方法，它使用二代Illumina测序数据进行建模，提取关键信息，利用这些关键信息，在不影响基因组的覆盖度前提下，压缩DNA的数据量。本发明在对数据进行分析之前，对其自身进行数据量压缩，从而大大降低后续分析的资源消耗。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基因组 数据压缩 方法 | ||
【主权项】：
1.一种基因组数据压缩方法，其特征在于，所述压缩方法包括以下步骤：（1）从二代Illumina测序数据中提取高频k‑mer表；（2）使用高频k‑mer表对数据进行压缩，包括以下步骤：2.1 在对数据进行压缩之前，读入高频k‑mer表table A；2.2 建立一张新的k‑mer表table B；2.3 对每条数据进行分析，方法如下：2.3.1 将一条数据中所有的k‑mer与table A进行比较，如果存在于table A，则为高频k‑mer，记录下它的高频k‑mer数，记为a；2.3.2 判断这条数据中的高频k‑mer，属于table B的数量，记为b；2.3.3 如果b/a＞c ，c为设置的域值，则认为这条数据为冗余，抛弃这条数据，反之，则认为这条数据可用，则将这条数据中所有的高频k‑mer，记录到table B中。
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