[发明专利]使用KNN计算与相似性比对预测蛋白质亚细胞区间方法在审
| 申请号： | 201610072828.7 | 申请日： | 2016-02-02 |
| 公开（公告）号： | CN105760711A | 公开（公告）日： | 2016-07-13 |
| 发明（设计）人： | 张梁;薛卫;王雄飞;杨荣丽 | 申请（专利权）人： | 江南大学 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 无锡华源专利商标事务所(普通合伙) 32228 | 代理人： | 林弘毅;聂汉钦 |
| 地址： | 214122 江苏*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种使用KNN计算与相似性比对预测蛋白质亚细胞区间方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1、提取蛋白质序列数据集中所有蛋白质序列的AAC特征；步骤2、通过KNN算法，确定预测范围内的蛋白质序列集合；步骤3、进行Blast相似性比对计算，得到最高相似性序列；最高相似性序列所属的区间就是所预测序列的所属区间。本发明的预测准确率较高，尤其在传统方法预测准确率较低的亚细胞类上识别精度明显提高，对准确预测未知蛋白的亚细胞位置具有重要作用。 | ||
| 搜索关键词： | 使用 knn 计算 相似性 预测 蛋白质 细胞 区间 方法 | ||
【主权项】：
一种使用KNN计算与相似性比对预测蛋白质亚细胞区间方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1、提取蛋白质序列数据集中所有蛋白质序列的AAC特征；步骤2、在蛋白质序列数据集中选取一条蛋白质序列设定为测试序列，其余蛋白质序列设定为训练集，通过KNN算法，确定预测范围内的蛋白质序列集合；步骤3、将所预测序列与预测范围内的蛋白质序列集合进行Blast相似性比对计算，得到最高相似性序列；最高相似性序列所属的区间就是所预测序列的所属区间。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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