[发明专利]用于确定高同源性区域中的基因型的方法

摘要

本文公开了涉及确定受试者的携带状态或基因型的方法。本文公开了一种将实验和计算方式组合来解析基因组基因座(即，所述基因型)的结构的方法，所述基因组基因座的序列与所述基因组中的其他序列是高度同源的。具体地，对受试者的基因的携带状态和/或拷贝数的所述确定利用下一代测序，其中所述基因具有对应的高度同源性同源物，例如基因或假基因。本文还描述了一种用于此类确定的计算机辅助方法。

主权项

一种用于根据来自基因组样品的实验测序数据推断相对于参考基因组序列的高度同源性基因组区域的特性(例如，拷贝数、取向、融合基因状态和序列)的方法，所述方法包括：a.使用靶向DNA测序(例如，使用分别利用探针或引物的杂交捕获技术或扩增子测序，所述探针或引物被特异性地设计来产生对基因或同源物而言独特的读取)或高深度非靶向测序(例如，全基因组鸟枪测序)来从基因及其同源物两者中以实验的方式获得NGS序列读取；b.基于基因或同源物与人类参考基因组的比对，在电脑上对所述基因或同源物的读取进行区分；c.计数在感兴趣位点(例如，在整个所述基因和同源物两者上拼接的位点)和≥10个—并且优选地≥50个—对照位点两者处的读取数(“深度”)；d.执行拷贝数分析，所述拷贝数分析通过一系列归一化计算和统计学置信度分析将原始读取深度转换成可解读的拷贝数调用；以及e.识别突变，其中确定拷贝数和分离基因衍生的读取的能力是用于适当地识别这些变体的关键因素。