[发明专利]识别配体-蛋白质结合位点的方法和系统

摘要

本发明提供一种基于集成结构和系统的药物靶点预测新方法，所述方法可以大规模发现现有药物的新靶点。本发明还提供新型计算机可读存储介质和计算机系统。本发明的方法和系统采用新型序列次序‑无关结构比对法、分裂层次聚类法及概率序列相似性方法，构建甚至能够捕捉已知靶点上药物不同结合位点混杂结构特征的概率口袋集合(PPE)。药物的PPE与近似药物释放曲线相结合，方便大规模预测新型药物‑蛋白质的相互作用，应用于生物研究和药物研发。

主权项

一种识别蛋白质配体结合位点的方法，所述方法包括以下步骤：(a)通过(1)识别蛋白质结构数据库中的信息，所述信息与已知蛋白质标签口袋对应并至少表明蛋白质标签口袋原子坐标和构象；(2)在识别的蛋白质标签口袋信息上执行两两序列次序‑无关结构比对、分裂层次聚类及概率序列相似性运算，以选择代表推定配体‑蛋白质结合位点的随机数值基组，概率序列相似性运算包括距离函数求解，距离函数由推定配体‑蛋白质结合位点与已知蛋白质标签口袋的结构相似性和可能的序列相似性定义；从而产生代表推定配体‑蛋白质结合位点的随机数值基组；(b)通过将已知配体‑蛋白质结合位点信息映射到基因名称，识别代表与基因对应的核苷酸表达水平的基因‑生物样本表达数据库信息，产生代表与预定数量生物样本中已知配体‑蛋白质结合位点相关联的基因核苷酸表达水平的数值基组；(c)从步骤(a)和(b)产生的基组中选择重叠值，作为至少与一个或多个配体‑蛋白质结合位点的原子坐标和构象有关的信息；及(d)通过测定一个或多个配体‑蛋白质结合位点的配体亲和力，验证步骤(c)中确定的一个或多个配体‑蛋白质结合位点。