[发明专利]超深度测序中的罕见变体召集

摘要

提供用于低频率变体的准确变体召集方法。接收靶向超深度测序的序列读取并与参考序列比对。对于每一样品扩增子测定其中参考序列上存在参考等位基因的每一位置处相同类别的变体的读取深度和变体计数。基于读取深度和变体计数，使用方法诸如基于统计模型的方法和使用参考样品的本地化方法来计算概率值，所述概率值表示特定变体在特定位置处为真阳性的置信水平。随后将概率值与阈值水平比较以确定所检测的变体是否为真阳性。

主权项

检测第一样品目标区域中低频率变体的计算机实现的方法，所述方法包括，在计算机系统上：接收从来自一个或多个样品的测序DNA片段获得的多个序列读取，所述一个或多个样品包括第一样品，其中所述测序包括靶向DNA片段中的目标区域；将多个序列读取与参考序列的目标区域比对；基于第一样品与参考序列的第一位置处的参考等位基因不同的序列读取，鉴定目标区域的第一位置处具有第一等位基因的第一候选变体；基于与参考序列的第一位置比对的第一样品的序列读取，确定所述第一位置处第一等位基因的第一变体频率；鉴定所述第一候选变体为对应于选自多个变体类别的第一变体类别，所述多个变体类别的每一变体类别对应于不同类型的变体；鉴定具有参考等位基因的参考序列的目标区域中第二位置的组，其中在一个或多个样品中至少50％的其他位置对于所述第一等位基因展示出假阳性，且其中第二位置的组包括第一位置；在第二位置的组的每一个处和对于一个或多个样品的每一个：基于与参考序列的第二位置比对的样品的序列读取，确定第一等位基因的第二变体频率，所述第二变体频率形成统计分布；比较第一变体频率与统计分布的统计值来确定相对于统计分布的统计值的第一变体频率的概率值；和比较第一等位基因的所述概率值与阈值作为确定所述第一候选变体在第一样品中是否为真阳性的部分，对于第一等位基因所述阈值在假阳性和真阳性之间有所不同。