[发明专利]基于芯片进行规模化快速制备单根寡核苷酸的方法

摘要

本发明公开了一种基于芯片进行规模化快速制备单根寡核苷酸的方法，具体是基于DNA微芯片和聚丙烯酰胺凝胶分离方法，规模化快速分离制备单根寡核苷酸的方法。本发明还公开了以规模化制备单根寡核苷酸的芯片上寡核苷酸合成序列的设计方法。该方法可以在22h之内得到纳摩尔级的PAGE纯度的独立的双链寡核苷酸。该方法得到的单根寡核苷酸的花费最低可降至$0.009/碱基，并且，随着单张芯片合成量的提高，成本可以进一步降低。本发明成功制备615根不同的寡核苷酸，分为88个寡核苷酸亚库，合成寡核苷酸总长度达62,809个碱基。

主权项

一种高通量合成和纯化寡核苷酸的方法，所述方法包括以下步骤：1)设计寡核苷酸序列，在寡核苷酸两端加上通用引物，以将合成的全部寡核苷酸分成若干亚库，不同亚库具有不同的通用引物，同一亚库具有相同通用引物，所述通用引物上含有IIS型内切酶的酶切位点；2)进行基于微芯片的DNA原位合成，并洗脱合成产物；3)利用所述通用引物对所述合成产物进行PCR扩增；4)分离扩增产物；其中每个亚库含有5‑11根长度不同的寡核苷酸；并且每个亚库中相邻长度的寡核苷酸相差至少4个碱基的长度，所述亚库以要合成的寡核苷酸片段大小来分配，在寡核苷酸和一侧的通用引物之间还具有接头序列，所述接头序列含有IIS型内切酶的酶切位点。