[发明专利]一种蛋白质翻译后修饰定位的方法

摘要

本发明涉及一种蛋白质翻译后修饰定位的方法，基于所述质谱的原始一级和二级质谱的数据库搜索，通过特征匹配离子，来确定蛋白质翻译后修饰的位点，对质谱数据进行数据库搜索和蛋白质鉴定过程中，利用特征离子，实现对不同蛋白质翻译后修饰的位置异构或组合异构的高效、准确的区分，实现蛋白质翻译后修饰的定位。与现有技术相比，本发明的解析方法对高通量的蛋白质翻译后修饰的精确定位有着显著的提升，可以得到综合全面的翻译后修饰鉴定结果、精确的确定蛋白质的翻译后修饰位点，适用于高通量的蛋白质组的解析，特别是具有大量翻译后修饰的蛋白质(如组蛋白等)质谱及串级质谱高效解析及结构准确鉴定。

主权项

一种蛋白质翻译后修饰定位的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)根据标准蛋白质序列数据库中的序列与修饰信息，分别生成所有对应蛋白变体的理论一级质谱数据库与二级质谱数据库；(2)将实验的一级质谱与理论的一级质谱相比较，找出所有与该一级质谱匹配的候选蛋白质变体；(3)将实验的二级质谱数据与所有候选蛋白质变体的理论的二级质谱数据进行匹配，得到各候选蛋白质变体的匹配碎片离子信息；(4)选取一条侯选蛋白质变体，若其不包含翻译后修饰，则不进行翻译后修饰定位打分；若包含翻译后修饰，则在所有候选蛋白质变体中寻找是否存在同重异构体；(5)若该条侯选蛋白质变体不存在同重异构体，则该翻译后修饰唯有一种可能，匹配的碎片离子的总数为该蛋白质翻译后修饰定位的得分；若存在同重异构体，则将所有同重异构体作为干扰；(6)在同重异构体中判断是否存在同重等效异构体，若存在，将同重等效异构体从作为干扰的同重异构体列表中排除；(7)获取该候选蛋白质变体的所有匹配的碎片离子，不考虑价态，去除重复的碎片离子，对每个不重复的碎片离子，若为该候选蛋白质变体独有的特征碎片，则该蛋白质翻译后修饰定位的得分加一，否则，不加分；(8)循环步骤(4)‑(7)，对所有候选蛋白质变体逐一进行翻译后修饰定位的打分；(9)根据设定的最低翻译后修饰的得分数值，对所有候选蛋白质变体进行筛选，得到实验二级质谱匹配的结果列表。