[发明专利]基于二维统计模型的体细胞拷贝数变异显著性检测方法有效
| 申请号： | 201410010002.9 | 申请日： | 2014-01-09 |
| 公开（公告）号： | CN103778350A | 公开（公告）日： | 2014-05-07 |
| 发明（设计）人： | 袁细国;张军英;杨利英;张胜利 | 申请（专利权）人： | 西安电子科技大学 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 北京科亿知识产权代理事务所(普通合伙) 11350 | 代理人： | 汤东凤 |
| 地址： | 710071 陕西省*** | 国省代码： | 陕西;61 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 一种基于二维统计模型的体细胞拷贝数变异显著性检测方法，其包括，S1采集SCNA数据，并对SCNA数据进行预处理；S2计算SCNA邻近位点间的关系系数，将染色体分割成多个相对独立的SCNA结构单元；S3计算每个SCNA结构单元的统计量，并在全基因组上实施二维随机置换；S4针对SCNA结构单元的不同长度L，通过计算置换样本中任意长度为L的SCNA模式的统计量，在二维空间中构造基于L的零分布DL；将相应SCNA的统计量与DL进行对比，将所述SCNA的统计量与所述DL记为p值；若p值小于设定的阈值，则相应的SCNA显著，具有潜在的癌症功能。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 二维 统计 模型 体细胞 拷贝 变异 显著 检测 方法 | ||
【主权项】：
一种基于二维统计模型的体细胞拷贝数变异显著性检测方法，其特征在于：其包括，S1采集SCNA数据，并对SCNA数据进行预处理；S2计算SCNA邻近位点间的关系系数，将染色体分割成多个相对独立的SCNA结构单元；S3计算每个SCNA结构单元的统计量，并在全基因组上实施二维随机置换；S4针对SCNA结构单元的不同长度L，通过计算置换样本中任意长度为L的SCNA模式的统计量，在二维空间中构造基于L的零分布DL；将相应SCNA的统计量与DL进行对比，将所述SCNA的统计量与所述DL记为p值；若p值小于设定的阈值，则相应的SCNA显著，具有潜在的癌症功能。
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于西安电子科技大学，未经西安电子科技大学许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201410010002.9/，转载请声明来源钻瓜专利网。
- 同类专利
- 专利分类
G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
