[发明专利]微生物分析的设备和方法

摘要

对从培养物中分离之后或直接来自样品的微生物进行鉴定的方法和系统。该方法和系统基于经高分辨率/质量准确性的单级(MS)或多级(MSn)质谱而对微生物蛋白质进行的表征来鉴定微生物。本公开还包括通过采用适用于基本所有微生物的方法和高分辨率/质量准确性的单级(MS)或多级(MSn)质谱，来对毒力因子、抗生素耐受性标记物、抗生素敏感性标记物、分型或其它特征进行目标检测和评估的讨论。

主权项

一种鉴定一种或多种微生物的方法，包括：a.提供含有一种或多种微生物的样品；b.将所述样品中的所述一种或多种微生物破碎，以提供流体提取物；c.将所述流体提取物中的可溶蛋白质部分与不可溶蛋白质部分分离，制备含有所述一种或多种微生物的完整可溶蛋白质的溶液；d.通过质谱仪系统的离子源将所述完整可溶蛋白质离子化，以形成离子化完整蛋白质；e.用质谱仪分析所述离子化完整蛋白质，其中所述分析包括：i.在第一质谱分析步骤中，获取代表所述离子化完整蛋白质的一个或多个质谱；ii.由所述一个或多个质谱确定所述离子化完整蛋白质的分子量；iii.采用所确定的一种或多种所述离子化完整蛋白质的分子量，来搜索含有已知微生物蛋白质的准确分子量的第一数据库，并将所确定的分子量与所述准确分子量进行比较，以便选择出候选的微生物子集，所述候选的微生物子集包括缩小数量的可能的微生物鉴定候选者；iv.在第二质谱分析步骤中，从所述离子化完整蛋白质中选择一种或多种前体离子，以及通过裂解方式将所述前体离子裂解，以产生多种产物离子；以及V.采用所述多种产物离子的质量‑电荷比m/z来搜索第二数据库，其中所述第二数据库含有已知微生物蛋白质的分子量和至少一种产物离子m/z比值、氨基酸序列、或所述已知微生物蛋白质的翻译后修饰信息，其中，来自所述第一数据库的所述候选的微生物子集用于限定所述第二数据库的搜索；以及f.自动分析足够数量的蛋白质，来鉴定所述一种或多种微生物中的至少一种，其中步骤(b)‑(f)在10分钟内完成。