[发明专利]基于多参考序列的基因序列分级压缩方法有效
| 申请号： | 201310433248.2 | 申请日： | 2013-09-22 |
| 公开（公告）号： | CN103546160A | 公开（公告）日： | 2014-01-29 |
| 发明（设计）人： | 熊红凯;李平好 | 申请（专利权）人： | 上海交通大学 |
| 主分类号： | H03M7/30 | 分类号： | H03M7/30 |
| 代理公司： | 上海汉声知识产权代理有限公司 31236 | 代理人： | 郭国中 |
| 地址： | 200240 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明提出了一种基于多参考序列的基因序列分级压缩方法，该方法首先将BAM格式文件转化成SAM格式的文件，SAM格式的基因序列由11个强制域和多个可选域构成，将原文件按域提取成12个独立文件，然后对12个文件进行并行压缩：（1）对‘Sequence’域采用基于多个参考序列逐步减半序列长度的分级压缩方法；（2）对于‘Quality Value’域采用k均值聚类结合上下文建模PPMVC压缩的方法；该方案相对于现有的同格式的压缩方案既提高或保证了压缩效率，又提供了压缩等级的多选择性，使得其更有适应性与扩展性。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 参考 序列 基因 分级 压缩 方法 | ||
【主权项】：
一种基于多参考序列的基因序列分级压缩方法，其特征是，首先将BAM格式文件转化成SAM格式的文件，SAM格式的基因序列由11个强制域和多个可选域构成，将可选域作为第12个域，原文件按域提取成12个独立文件，然后对12个文件进行并行压缩：（1）对‘Sequence’域采用基于多个参考序列逐步减半序列长度的分级压缩方法；（2）对于‘Quality Value’域采用k均值聚类结合上下文建模PPMVC压缩的方法；（3）对于剩下的十个域采用基于域内特征和域间相关性的压缩方法。
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