[发明专利]碱基序列比对系统及方法有效
| 申请号： | 201310368714.3 | 申请日： | 2013-08-22 |
| 公开（公告）号： | CN103793627B | 公开（公告）日： | 2017-03-01 |
| 发明（设计）人： | 朴旻胥 | 申请（专利权）人： | 三星SDS株式会社 |
| 主分类号： | G06F19/22 | 分类号： | G06F19/22 |
| 代理公司： | 北京铭硕知识产权代理有限公司11286 | 代理人： | 金光军,韩明星 |
| 地址： | 韩国*** | 国省代码： | 暂无信息 |
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| 摘要： | 本发明公开一种碱基序列比对系统及方法。根据本发明的一个实施例的碱基序列比对系统，包括片段序列生成单元，用于由短片段生成多个片段（fragment）序列；筛选单元，用于构成只包含生成的所述多个片段序列当中与参考序列相匹配的片段序列的候选片段序列集合；映射个数计算单元，将所述参考序列划分为多个区间，并计算所述多个区间各自的所述候选片段序列的总映射个数；比对单元，选择计算出的所述总映射个数为基准个数以上的区间，并对选择的区间执行针对所述短片段的全局比对（global alignment）。 | ||
| 搜索关键词： | 碱基 序列 系统 方法 | ||
【主权项】：
一种碱基序列比对系统，包括：片段序列生成单元，用于由短片段生成多个片段序列；筛选单元，用于构成只包含所生成的所述多个片段序列当中与参考序列相匹配的片段序列的候选片段序列集合；映射个数计算单元，将所述参考序列划分为多个区间，并计算所述多个区间各自的所述候选片段序列的总映射个数；比对单元，选择计算出的所述总映射个数为基准个数以上的区间，并对所选择的区间执行针对所述短片段的全局比对，其中，与所述参考序列相匹配的片段序列为与所述参考序列进行精确匹配的结果不一致的碱基数为设定个数以下的片段序列。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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