[发明专利]一种提取荟萃生物标志物的方法及装置有效
申请号: | 201310213816.8 | 申请日: | 2013-05-31 |
公开(公告)号: | CN103336914A | 公开(公告)日: | 2013-10-02 |
发明(设计)人: | 刘伟;谢红卫 | 申请(专利权)人: | 中国人民解放军国防科学技术大学 |
主分类号: | G06F19/18 | 分类号: | G06F19/18 |
代理公司: | 北京康信知识产权代理有限责任公司 11240 | 代理人: | 李志刚;吴贵明 |
地址: | 410073 湖*** | 国省代码: | 湖南;43 |
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摘要: | 本发明公开了一种提取荟萃生物标志物的方法及装置,该方法包括:取与同一疾病相关的n个疾病质谱数据集,并分别对每个疾病质谱数据集中的蛋白进行蛋白质定量,得到n个蛋白质定量结果,n为正整数;将每个蛋白质定量结果分别与对应的基准对照组进行比较,得到每个蛋白质定量结果中蛋白的统计差异概率值,将统计差异概率值小于预设显著阈值的蛋白作为候选生物标志物,得到m个候选生物标志物;将m个候选生物标志物进行荟萃分析,提取在n个疾病质谱数据集中统计数量大于预设统计值的候选生物标志物的集合作为荟萃生物标志物。本发明可利用不同实验室产出的不同来源的多个疾病相关质谱数据集进行分析,所得荟萃生物标志物更具有通用性和鲁棒性。 | ||
搜索关键词: | 一种 提取 荟萃 生物 标志 方法 装置 | ||
【主权项】:
一种提取荟萃生物标志物的方法,其特征在于,包括:步骤S1:取与同一疾病相关的n个疾病质谱数据集,并分别对每个疾病质谱数据集中的蛋白进行蛋白质定量,得到n个蛋白质定量结果,所述n为正整数;步骤S3:将每个所述蛋白质定量结果分别与对应的基准对照组进行比较,得到每个所述蛋白质定量结果中蛋白的统计差异概率值,将统计差异概率值小于预设显著阈值的蛋白作为候选生物标志物,得到m个候选生物标志物,所述m为正整数且m≤n;步骤S5:将所述m个候选生物标志物进行荟萃分析,提取在所述n个疾病质谱数据集中统计数量大于预设统计值的候选生物标志物的集合作为荟萃生物标志物。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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