[发明专利]一种遗传图谱构建的处理方法和装置无效
| 申请号： | 201210454569.6 | 申请日： | 2012-11-14 |
| 公开（公告）号： | CN102982251A | 公开（公告）日： | 2013-03-20 |
| 发明（设计）人： | 孔关义;王海龙;朱红梅;周广宇 | 申请（专利权）人： | 北京诺禾致源生物信息科技有限公司 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 100083 北京市昌平区*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种构建遗传图谱的处理方法和装置。其中，构建遗传图谱的处理方法包括：接收多个样本的SNP（单核苷酸多态性）数据；鉴别基因组上发生重组的区域；将未发生重组的SNP位点合并成一个标记；通过两点测验法构建基因组片段的连锁群；计算已知顺序的标记之间的重组率及每一个连锁群内未知顺序的基因组片段之间的重组率；根据标记之间及基因组片段之间的重组率对每一个连锁群内的基因组片段进行排序；计算排好序的相邻标记之间的重组率并转换成作图距离，得到基因组遗传图谱及排好顺序的基因组片段。本发明提供了一种适用于高通量测序数据的高效而精细的遗传图谱构建方法，同时提供了基因组组装成的大片段序列排序构建伪染色体的有效方案。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 遗传 图谱 构建 处理 方法 装置 | ||
【主权项】：
一种基于高通量测序数据构建遗传图谱的处理方法，其特征在于，包括：接收多个样本的SNP（单核苷酸多态性）数据；鉴别基因组上发生重组的区域，将未发生重组的SNP位点合并成一个标记；通过两点测验法构建基因组片段的连锁群；计算已知顺序的标记之间的重组率及每一个连锁群内未知顺序的基因组片段之间的重组率；根据标记之间及基因组片段之间的重组率对每一个连锁群内的基因组片段进行排序；依次计算排好序的连锁群内相邻标记之间的重组率并转换成作图距离，得到基因组遗传图谱及由排好顺序的基因组组装成的基因组片段。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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