[发明专利]水平转移基因的预测

摘要

本发明公开了用于识别水平转移基因的方法和系统。该方法包括在三维空间内界定一个立方体，其中所述立方体包括对应于属于多个已测序微生物基因组的基因组片段的片段点，并将所述立方体划分成多个网格。该方法进一步包括选择对应于一个选定基因组的一个或多个网格并基于每个被选择的网格中对应于选定基因组的片段点的数目，将每个被选择的网格分类成多数网格、少数网格和混合网格中的一种。而且，基于距离比评价，从所述少数网格和所述混合网格中识别出至少一个片段作为水平转移基因。

主权项

一种识别水平转移基因的方法，所述方法包括：在三维空间内界定一个立方体，其中所述立方体包括对应于来自多个测序的微生物基因组的基因组片段的片段点；将所述立方体划分成多个网格；从所述多个网格中选择对应于一个选定基因组的一个或多个网格；基于多个阈值，其中第一阈值界定在网格中对应于选定基因组的片段点的最小数目，该网格被分类成少数网格，其中第二阈值界定在网格中对应于选定基因组的片段点的最大数目，该第二阈值用于待被分类为多数网格的网格，其中第三阈值界定在网格中对应于选定基因组的片段点的数目，该第三阈值小于第二阈值并大于第一阈值，该网格被分类成混合网格；将每个被选择的网格分类成多数网格、少数网格和混合网格中的一种；以及基于距离比评价，从所述少数网格和所述混合网格中识别出对应所述水平转移基因的至少一个成分上不同的基因组片段作为水平转移基因片段。