[发明专利]结合基于下一代测序数据的植物microRNA靶位互作网络预测的方法

摘要

本发明公开了一种基于下一代测序数据的植物microRNA靶位互作网络预测的方法。它包括如下步骤：1)收集植物microRNA和基因组数据；2)处理植物microRNA数据；3)使用miRU预测植物microRNA的靶位点；4)收集PARE信号数据；5)建立PmiPKB数据库的“MiR-Tar”模块；6)利用PARE信号数据验证植物microRNA靶位互作关系；7)构建植物microRNA靶位互作网络。本发明整合了水稻、拟南芥的RNA末端并行分析数据，提供了映射到靶基因mRNA与microRNA结合位点附近的PARE信号信息，可用于鉴别预测的microRNA-target mRNA之间是否存在真实的切割调控关系；来自不同组织材料的PARE数据集间可以进行比较以揭示这种调控关系的组织特异性。对水稻和拟南芥现有microRNA靶位互作网络进行预测，并人工进一步筛选得到最终网络模型，具有相当高的可靠性。

主权项

一种基于下一代测序数据的植物microRNA靶位互作网络预测的方法，其特征在于，包括如下步骤：1)收集植物microRNA和基因组数据；2)处理植物microRNA数据；3)使用miRU预测植物microRNA的靶位点；4)收集PARE信号数据；5)建立PmiPKB数据库的“MiR‑Tar”模块；6)利用PARE信号数据验证植物microRNA靶位互作关系；7)构建植物microRNA靶位互作网络。