本发明涉及一种程序化框架gRNA及其应用。与亲本框架gRNA相比,所述程序化框架gRNA在Tetraloop、Loop2和Tail中的任一结构中引入腺嘌呤/鸟嘌呤混合捕获序列修饰,其中所述腺嘌呤/鸟嘌呤混合捕获序列选自SEQ ID No:1‑9中的任一项。本发明还涉及包含程序化框架gRNA的gRNA表达盒或双gRNA表达盒。本发明还涉及包含所述程序化框架gRNA、gRNA表达盒或双gRNA表达盒的载体或细胞。本发明的程序化框架gRNA、gRNA表达盒或双gRNA表达盒可以替代亲本框架gRNA用于CRISPR筛选,CRISPR筛选得到的细胞群可用于构建单细胞测序用的文库。