本发明公开一种抗鼠伤寒沙门氏菌鞭毛蛋白FlgE的驼源纳米抗体及其制备方法和应用,该纳米抗体能够靶向鼠伤寒沙门氏菌鞭毛FlgE蛋白,其含有抗原互补决定区CDR1、CDR2和CDR3的重链可变区,其中,该抗体含有选自SEQ ID NO.1‑3任一项所示的氨基酸序列的重链可变区。本发明提供的抗FlgE鞭毛蛋白的驼源纳米抗体具有针对FlgE蛋白较高的亲和力,能够与鼠伤寒沙门氏菌有效结合并触发细菌凝集反应,这为胃肠道感染替代抗生素疗法的开发提供思路和手段,同样为口服化活性抗体制剂的开发提供重要的理论依据。