本发明公开了一种调控植物萌发速率的ShN/AINV5‑4D基因及其应用。所述ShN/AINV5‑4D基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,其编码蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明前期通过拟南芥突变体筛选得到一个种子延迟萌发的突变体Atinve,利用农杆菌GV3101将基因ShN/AINV5‑4D通过遗传转化转入拟南芥突变体Atinve中进行基因功能验证,得到回补株系#1、#8、#16这3个株系,通过种子萌发试验发现,ShN/AINV5‑4D能够促进种子萌发,提高种子的萌发速率。