本发明提供了聚集性葡萄球菌来源的腈水合酶在制备酰胺吡嗪类化合物中的应用,属于生物化工技术领域;所述腈水合酶催化氰基吡嗪类化合物水合反应生成酰胺吡嗪类化合物;所述腈水合酶来源于聚集性葡萄球菌(Stappia aggregata IAM 12614)。本发明以氰基吡嗪类化合物为底物,利用离体的腈水合酶或表达腈水合酶的细胞作为催化剂,进行水合反应,能够获得酰胺吡嗪类化合物。本发明的应用原料转化率高,没有副反应,产物易于分离提纯且纯度较高;与传统化学催化工艺相比,本发明工艺绿色环保且操作简便,产率超过99%。